Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr05G000555`

染色体: Chr05 坐标: 4181326-4183642 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr05G000555`
名称	SmilChr05G000555
描述	uncharacterized SmilChr05G000555
染色体 / SeqID	Chr05 / NC_080391.1
坐标与链方向	4181326 - 4183642 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130985306`
GeneID	`130985306`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130985306`
原始查询	`SmilChr05G000555`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述	confidence=no_hit
产物	confidence=no_hit
Arabidopsis	`-` -
Rice	`-` -
GO	-
KEGG	-
Pfam	-
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130985306

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cell membrane	细胞膜	1.00000	`XP_057764200.1`
2	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057764200.1`
3	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057764200.1`
4	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057764200.1`
5	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057764200.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr5:4182131`	`CAA`	`C`	2bp_deletion	frameshift_variant	44	A13,A20,A21,A23,B108,B123,B133,B134,B138,B15,B17,B36,B4,B45,B54,B58,B59,B60,B68,B73,B80,B85,B90,B91,B92,B94,B97,C13,C26,C37,C38,C39,C41,C44,C49,C55,C57,C72,C74,C79,C81,C83,C84,D1
`Chr5:4182134`	`C`	`CGT`	2bp_insertion	frameshift_variant	10	A20,B108,B17,B36,B4,B54,B91,B94,C49,C72
`Chr5:4182135`	`G`	`GCC`	2bp_insertion	frameshift_variant	36	A13,A21,A23,B123,B133,B134,B138,B15,B17,B36,B45,B58,B59,B60,B68,B73,B80,B85,B90,B92,B97,C13,C26,C37,C38,C39,C41,C44,C55,C57,C74,C79,C81,C83,C84,D1
`Chr5:4182138`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B112,B75,C80
`Chr5:4182142`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A6,C60,D10,D11
`Chr5:4182148`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B132,B14
`Chr5:4182168`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B14,B80
`Chr5:4182386`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B132,B14
`Chr5:4182441`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B67,C60
`Chr5:4182479`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A6,D10,D11
`Chr5:4182483`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C26
`Chr5:4182489`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C26

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中，此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

5 records

下载 cDNA FASTA

XM_057908218.1
TAATTCAAAAAAAAAAAAAAAAACTAATCTATGGACAGTAGCCTGTGCTGGATTCTTCTCTGTTCTCGCCCCTACCAACCTCTCAAGTCTTTCTCAACCTTGTCTCATTTACCGTCATTTTTCAAATACCTTTCTTTCTCAAATCAAAGCTGTACTTGGAAATTATAGTTTTAGTTTAGAGAGAGAGAGAGACTGAGAAACTCGGCAGAGAGCTCGCAATCTGATTTTGATCCGTAGTTGTAGATTTCAAGTAATTCGAC...

XM_057908217.1
AAAAACTAATCTATGGACAGTAGCCTGTGCTGGATTCTTCTCTGTTCTCGCCCCTACCAACCTCTCAAGTCTTTCTCAACCTTGTCTCATTTACCGTCATTTTTCAAATACCTTTCTTTCTCAAATCAAAGCTGTACTTGGAAATTATAGTTTTAGTTTAGAGAGAGAGAGAGACTGAGAAACTCGGCAGAGAGCTCGCAATCTGATTTTGATCCGTAGTTGTAGATTTCAAGTAATTCGACAAGACAGTCATCATGCCA...

CDS

5 records

下载 CDS FASTA

LOC130985306
ATGCCATCAGGTGCGAAGAAGCGAAAAGCTGCCAAGAAGAAGAAGGAAAGTCAAAATCAATCCAACGATCACTCTGATTCTGCTCCTGCTCACTCCCATGGGGATGAGGATGTGAAGCACCAAGATGATAGAGAGAGCAACGTCGCGGAGGTAAGCTCCCCTACATCCCCGGACCATGAGAAGCTTCCGGTTGAAGCAGAGGCTGCAGGTGCTTCTTCCATGGAAGGATCAAGAGTTGACAATTGGGAAGAGCGAGTGGG...

Protein

5 records

下载 Protein FASTA

XP_057764200.1
MPSGAKKRKAAKKKKESQNQSNDHSDSAPAHSHGDEDVKHQDDRESNVAEVSSPTSPDHEKLPVEAEAAGASSMEGSRVDNWEERVGLEKEIKIEYESGVKDGIINHDEANRKPYDGGSSGSYSSSSSSSSSSSDDESRGLKKGQDESSIASGVSVEMDDSLSGKPVEPVCDSNVDSSISATIESDMLSQAAISEAPHVVESTLEESGGEKFDSVKERICTPVEEADVGSTESTPKTLDPKECVTQEIDERSTFPGVALD...

XP_057764201.1
MPSGAKKRKAAKKKKESQNQSNDHSDSAPAHSHGDEDVKHQDDRESNVAEVSSPTSPDHEKLPVEAEAAGASSMEGSRVDNWEERVGLEKEIKIEYESGVKDGIINHDEANRKPYDGGSSGSYSSSSSSSSSSSDDESRGLKKGQDESSIASGVSVEMDDSLSGKPVEPVCDSNVDSSISATIESDMLSQAAISEAPHVVESTLEESGGEKFDSVKERICTPVEEADVGSTESTPKTLDPKECVTQEIDERSTFPGVALD...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器