Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr05G000562

染色体: Chr05 坐标: 4217629-4218336 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr05G000562
名称SmilChr05G000562
描述oxoglutarate-dependent flavonoid 7-O-demethylase 1-like
染色体 / SeqIDChr05 / NC_080391.1
坐标与链方向4217629 - 4218336 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131024800
GeneID131024800
locus_tag-
NCBI NameLOC131024800
原始查询SmilChr05G000562

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述oxoglutarate-dependent flavonoid 7-O-demethylase 1-like
产物oxoglutarate-dependent flavonoid 7-O-demethylase 1-like
ArabidopsisAT1G17020 (SRG1)
senescence-related 1 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:838272]
identity=52.4; qcov=0.924; evalue=1.05e-56; confidence=high
RiceOs03g0856000
-
identity=43.9; qcov=0.929; evalue=6.62e-41; confidence=medium
GO-
KEGG-
PfamPF14226 (DIOX_N)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131024800

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 0.80000 XP_057810318.1
2 Cytosol 细胞质基质 0.80000 XP_057810318.1
3 Nucleus 细胞核 0.40000 XP_057810318.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057810318.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057810318.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr5:4217823 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B114,B52
Chr5:4217910 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C27
Chr5:4218031 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B118,B6,B77,C10
Chr5:4218082 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B52,B8
Chr5:4218154 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr5:4218212 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A8
Chr5:4218216 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B12,B55

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057810318.1
184 aa
N
1
92
184
DIOX_N
C
PF14226 DIOX_N 51-158 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057810318.1 Pfam PF14226 DIOX_N Family 51 158 1.1e-29 104.1 non-haem dioxygenase in morphine synthesis N-terminal

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057954335.1
GGTCACTGAAGGTAGAACTTGCACACACACATATAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGGTGGAGGCGATGGAATCAAAGGCGCAGATATTAGGCAGATCACTGAAGGTGCCAATTGTGCAAGAGCTTGCAAAGGAGAAACTGAGCAGTGTGCCGTCGAGATACATCCGACCCGATCACCAACATCTCACCGCCGCCGATGTTTCCTCCCTACCTCAAATCCCCGTCATCGATATGCAGAAGCTGCTCCTCTCAGATTCCATGGA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131024800
ATGGAATCAAAGGCGCAGATATTAGGCAGATCACTGAAGGTGCCAATTGTGCAAGAGCTTGCAAAGGAGAAACTGAGCAGTGTGCCGTCGAGATACATCCGACCCGATCACCAACATCTCACCGCCGCCGATGTTTCCTCCCTACCTCAAATCCCCGTCATCGATATGCAGAAGCTGCTCCTCTCAGATTCCATGGATTCCGAGCTTCACAGGCTGCACGAAGCTTGCCTAGATTGGGGTTTCTTCCAGTTGATCAACCA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057810318.1
MESKAQILGRSLKVPIVQELAKEKLSSVPSRYIRPDHQHLTAADVSSLPQIPVIDMQKLLLSDSMDSELHRLHEACLDWGFFQLINHGVDAAPIAKMRSEMTAFFNLPPEEKDVFRQKEDDVEGYGQAFVTSQEQKLDWADLFFILTQPPYLRKPHLIPKLPASFRSSQILQKLTLLYTSHIMY

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器