当前解析结果
SmilChr05G000579| 统一新 Gene ID | SmilChr05G000579 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr05G000579 |
| 描述 | GDSL esterase/lipase At5g45670-like |
| 染色体 / SeqID | Chr05 / NC_080391.1 |
| 坐标与链方向 | 4353688 - 4357366 / + |
| NCBI Gene ID | LOC130985281 |
|---|---|
| GeneID | 130985281 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130985281 |
| 原始查询 | SmilChr05G000579 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | GDSL esterase/lipase At5g45670-like |
| 产物 | GDSL esterase/lipase At5g45670-like |
| Arabidopsis | AT5G45670 (AT5G45670)GDSL-like Lipase/Acylhydrolase superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:834606] identity=47.2; qcov=0.554; evalue=4.66e-47; confidence=medium |
| Rice | Os05g0518300 (OsGELP73)- identity=44.3; qcov=0.551; evalue=3.75e-39; confidence=medium |
| GO | GO:0016788 (hydrolase activity, acting on ester bonds) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00657 (Lipase_GDSL) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130985281 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Secreted | 分泌到胞外 | 1.00000 | XP_057764167.1 |
| 2 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057764167.1 |
| 3 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057764167.1 |
| 4 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057764167.1 |
| 5 | Chromatin | 染色质 | 0.00000 | XP_057764167.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr5:4353796 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B122,B16 |
Chr5:4353802 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B21 |
Chr5:4353803 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B21 |
Chr5:4353839 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B103,B131,C1,C18,C44 |
Chr5:4355375 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B13,C2,C82 |
Chr5:4355552 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B104 |
Chr5:4356775 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B11,B19,B84,C54,D2 |
Chr5:4356808 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D11 |
Chr5:4356819 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B98 |
Chr5:4356975 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B11,B19,C54,D2 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057764167.1PF00657
Lipase_GDSL 42-345 aa
XP_057764168.1PF00657
Lipase_GDSL 42-127 aa
PF00657
Lipase_GDSL 139-266 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057764167.1 |
Pfam | PF00657 |
Lipase_GDSL | Family | 42 | 345 | 7.2e-32 | 111.9 | GDSL-like Lipase/Acylhydrolase |
XP_057764168.1 |
Pfam | PF00657 |
Lipase_GDSL | Family | 42 | 127 | 7.9e-20 | 72.6 | GDSL-like Lipase/Acylhydrolase |
XP_057764168.1 |
Pfam | PF00657 |
Lipase_GDSL | Family | 139 | 266 | 7.9e-20 | 72.6 | GDSL-like Lipase/Acylhydrolase |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
2 records
下载 cDNA FASTA2 records
下载 CDS FASTA2 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。