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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr05G000582

染色体: Chr05 坐标: 4381417-4386134 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr05G000582
名称SmilChr05G000582
描述GDSL esterase/lipase At5g45670-like
染色体 / SeqIDChr05 / NC_080391.1
坐标与链方向4381417 - 4386134 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130985285
GeneID130985285
locus_tag-
NCBI NameLOC130985285
原始查询SmilChr05G000582

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述GDSL esterase/lipase At5g45670-like
产物GDSL esterase/lipase At5g45670-like
ArabidopsisAT5G45670 (AT5G45670)
GDSL-like Lipase/Acylhydrolase superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:834606]
identity=48.2; qcov=0.994; evalue=2.01e-124; confidence=high
RiceOs01g0748500 (OsGELP25)
-
identity=49.3; qcov=0.934; evalue=6.11e-124; confidence=high
GOGO:0016788 (hydrolase activity, acting on ester bonds)
KEGG-
PfamPF00657 (Lipase_GDSL)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130985285

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Secreted 分泌到胞外 1.00000 XP_057764172.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057764172.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057764172.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057764172.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057764172.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr5:4381736 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A13,C36
Chr5:4381878 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B136,B35,C71
Chr5:4383400 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr5:4383564 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B106,B109,B132,B14
Chr5:4383572 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B27
Chr5:4383661 G GT 1bp_insertion frameshift_variant 1 C4
Chr5:4383661 G GT 1bp_insertion CDS_variant 1 C4
Chr5:4383762 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B109
Chr5:4385537 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B132

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057764172.1
363 aa
N
1
182
363
Lipase_GDSL
C
PF00657 Lipase_GDSL 36-340 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057764172.1 Pfam PF00657 Lipase_GDSL Family 36 340 4.2e-27 96.4 GDSL-like Lipase/Acylhydrolase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057908189.1
TTGATCAAATTAACAGCGAGTCCCTTGTGACTTGGATCTTGGTTTCCTTCTCCTCCTAACTAAACTGCAGGTAGATGATGAAAACTAATGAGCTGAAGAAATGGATGGTGGTGAGCTTGGTAGCGGCGGCGGTAATCCTACGCAACGCAGCAGTTGCGGCGGAGCCACAAGTGCCATGTCTCTTCATATTTGGCGACTCATTGATAGACCCTGGTAACAACAACGACTTGTCGACCATCGCCAGGGTTAATTTCCGGCCC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130985285
ATGATGAAAACTAATGAGCTGAAGAAATGGATGGTGGTGAGCTTGGTAGCGGCGGCGGTAATCCTACGCAACGCAGCAGTTGCGGCGGAGCCACAAGTGCCATGTCTCTTCATATTTGGCGACTCATTGATAGACCCTGGTAACAACAACGACTTGTCGACCATCGCCAGGGTTAATTTCCGGCCCTACGGCATCGATTTTCCGTTGGGGCCGACGGGGCGATTTTCCAACGGAAAAACGGTGGCGGATGTCGTCGCTAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057764172.1
MMKTNELKKWMVVSLVAAAVILRNAAVAAEPQVPCLFIFGDSLIDPGNNNDLSTIARVNFRPYGIDFPLGPTGRFSNGKTVADVVAKLLGFKDYIPSYSKARGKQILRGVNYASAAAGIRPETGRHWGDRVSFDKQLRNFNHTFAQLAAILGGRRAATDYLGKCIFISALGNNEFLNNYFLTPLYNTSRVYTLQQYIPIVLKQYTQQLKVLYTFGARKIALIGTAPLGCIPISVVTNSLDGFSCVESNNRASRMFNKQLR...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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