当前解析结果
SmilChr05G000584| 统一新 Gene ID | SmilChr05G000584 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr05G000584 |
| 描述 | GDSL esterase/lipase At4g18970-like |
| 染色体 / SeqID | Chr05 / NC_080391.1 |
| 坐标与链方向 | 4413414 - 4415516 / - |
| NCBI Gene ID | LOC130985289 |
|---|---|
| GeneID | 130985289 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130985289 |
| 原始查询 | SmilChr05G000584 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | GDSL esterase/lipase At4g18970-like |
| 产物 | GDSL esterase/lipase At4g18970-like |
| Arabidopsis | AT4G18970 (AT4G18970)GDSL-like Lipase/Acylhydrolase superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:827632] identity=45.2; qcov=0.928; evalue=2.01e-97; confidence=high |
| Rice | Os01g0748500 (OsGELP25)- identity=46; qcov=0.931; evalue=1.07e-101; confidence=high |
| GO | GO:0016788 (hydrolase activity, acting on ester bonds) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00657 (Lipase_GDSL) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130985289 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Secreted | 分泌到胞外 | 1.00000 | XP_057764175.1 |
| 2 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057764175.1 |
| 3 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057764175.1 |
| 4 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057764175.1 |
| 5 | Chromatin | 染色质 | 0.00000 | XP_057764175.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr5:4413702 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B37 |
Chr5:4413717 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B102,B111,C84,D11 |
Chr5:4413726 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | A5,C76 |
Chr5:4413739 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | C17,C58 |
Chr5:4413746 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C76 |
Chr5:4413758 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C76 |
Chr5:4413771 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B80 |
Chr5:4413783 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B113 |
Chr5:4413790 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B105,B22,B28,D6 |
Chr5:4413974 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C60 |
Chr5:4413975 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | A11,B53 |
Chr5:4413993 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B42 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057764175.1PF00657
Lipase_GDSL 34-332 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057764175.1 |
Pfam | PF00657 |
Lipase_GDSL | Family | 34 | 332 | 7.6e-27 | 95.5 | GDSL-like Lipase/Acylhydrolase |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。