当前解析结果
SmilChr05G000585| 统一新 Gene ID | SmilChr05G000585 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr05G000585 |
| 描述 | uncharacterized SmilChr05G000585 |
| 染色体 / SeqID | Chr05 / NC_080391.1 |
| 坐标与链方向 | 4425033 - 4426762 / - |
| NCBI Gene ID | LOC131024802 |
|---|---|
| GeneID | 131024802 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131024802 |
| 原始查询 | SmilChr05G000585 |
| 来源 | GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | hit=Os06g0597250; species=rice; confidence=high |
| 产物 | hit=Os06g0597250; species=rice; confidence=high |
| Arabidopsis | AT2G13770 (AT2G13770)nuclease [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:815861] identity=57.7; qcov=0.227; evalue=1.23e-36; confidence=weak |
| Rice | Os06g0597250- identity=49.3; qcov=0.946; evalue=5.86e-144; confidence=high |
| GO | - |
| KEGG | - |
| Pfam | PF04827 (Plant_tran); PF13359 (DDE_Tnp_4); PF28509 (DUF8418) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131024802 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Nucleus | 细胞核 | 1.00000 | XP_057810321.1 |
| 2 | Chromosome | 染色体 | 0.40000 | XP_057810321.1 |
| 3 | Telomere | 端粒 | 0.20000 | XP_057810321.1 |
| 4 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057810321.1 |
| 5 | Chromatin | 染色质 | 0.00000 | XP_057810321.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr5:4425386 |
AT |
A |
1bp_deletion | frameshift_variant | 60 | A1,A13,A14,A15,A18,A2,A25,A7,B105,B109,B11,B114,B117,B12,B122,B127,B13,B131,B132,B138,B23,B27,B30,B33,B34,B37,B38,B45,B46,B47,B59,B62,B66,B69,B70,B72,B73,B82,B9,B90,B92,B93,B97,C10,C21,C30,C34,C45,C47,C5,C54,C75,C78,C84,C85,D11,D2,D3,D7,D8 |
Chr5:4425406 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 8 | A21,B34,B8,B82,B83,B85,C18,C84 |
Chr5:4425419 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B11,B119,B6,B96,C67 |
Chr5:4425455 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B41 |
Chr5:4425527 |
TG |
T |
1bp_deletion | frameshift_variant | 22 | A16,A22,A4,A9,B104,B123,B21,B60,B86,B87,B91,C10,C12,C14,C18,C52,C63,C64,C8,C82,D1,D2 |
Chr5:4425558 |
T |
TG |
1bp_insertion | frameshift_variant | 7 | A18,B10,B2,B93,C50,C65,C78 |
Chr5:4425580 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | A9,B104,B123,B21,B87 |
Chr5:4425638 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B86 |
Chr5:4425675 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B21,B77,B90,C12 |
Chr5:4425692 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 6 | B129,B14,B66,B67,C24,C49 |
Chr5:4425705 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | C32,C68 |
Chr5:4425706 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B77,B90 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057810321.1PF28509
DUF8418 74-112 aa
PF04827
Plant_tran 182-384 aa
PF13359
DDE_Tnp_4 211-374 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057810321.1 |
Pfam | PF28509 |
DUF8418 | Domain | 74 | 112 | 4.3e-16 | 59.1 | Domain of unknown function (DUF8418) |
XP_057810321.1 |
Pfam | PF04827 |
Plant_tran | Family | 182 | 384 | 4.1e-106 | 353.9 | Plant transposon protein |
XP_057810321.1 |
Pfam | PF13359 |
DDE_Tnp_4 | Domain | 211 | 374 | 1.2e-11 | 45.2 | DDE superfamily endonuclease |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。