当前解析结果
SmilChr05G000590| 统一新 Gene ID | SmilChr05G000590 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr05G000590 |
| 描述 | GDSL esterase/lipase At1g29670-like |
| 染色体 / SeqID | Chr05 / NC_080391.1 |
| 坐标与链方向 | 4455126 - 4457191 / + |
| NCBI Gene ID | LOC130985296 |
|---|---|
| GeneID | 130985296 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130985296 |
| 原始查询 | SmilChr05G000590 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | GDSL esterase/lipase At1g29670-like |
| 产物 | GDSL esterase/lipase At1g29670-like |
| Arabidopsis | AT1G29670 (AT1G29670)GDSL-like Lipase/Acylhydrolase superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:839844] identity=44.8; qcov=0.989; evalue=2.96e-94; confidence=medium |
| Rice | Os01g0748500 (OsGELP25)- identity=44.2; qcov=0.922; evalue=4.31e-94; confidence=medium |
| GO | GO:0016788 (hydrolase activity, acting on ester bonds) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00657 (Lipase_GDSL) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130985296 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Secreted | 分泌到胞外 | 1.00000 | XP_057764183.1 |
| 2 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057764183.1 |
| 3 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057764183.1 |
| 4 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057764183.1 |
| 5 | Chromatin | 染色质 | 0.00000 | XP_057764183.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr5:4455241 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B104,C65 |
Chr5:4455321 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C58 |
Chr5:4455689 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B129 |
Chr5:4455704 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C58 |
Chr5:4455764 |
A |
AT |
1bp_insertion | frameshift_variant | 7 | B101,B119,B41,B61,B67,B8,C52 |
Chr5:4455989 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B122,C24,C49 |
Chr5:4456106 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 1 | B37 |
Chr5:4456106 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B37 |
Chr5:4456153 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D11 |
Chr5:4456248 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B136 |
Chr5:4456363 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C30 |
Chr5:4456910 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B122,C24,C49 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057764183.1PF00657
Lipase_GDSL 37-331 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057764183.1 |
Pfam | PF00657 |
Lipase_GDSL | Family | 37 | 331 | 1.1e-32 | 114.6 | GDSL-like Lipase/Acylhydrolase |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。