Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr05G000596

染色体: Chr05 坐标: 4492527-4495806 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr05G000596
名称SmilChr05G000596
描述integrin-linked protein kinase 1-like
染色体 / SeqIDChr05 / NC_080391.1
坐标与链方向4492527 - 4495806 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130985268
GeneID130985268
locus_tag-
NCBI NameLOC130985268
原始查询SmilChr05G000596

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述integrin-linked protein kinase 1-like
产物integrin-linked protein kinase 1-like
ArabidopsisAT3G58760 (AT3G58760)
Integrin-linked protein kinase family [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:825045]
identity=62.3; qcov=0.941; evalue=0; confidence=high
RiceOs01g0748600 (P0481E12.28-1)
-
identity=62; qcov=0.899; evalue=0; confidence=high
GOGO:0004672 (protein kinase activity); GO:0005515 (protein binding); GO:0005524 (ATP binding); GO:0006468 (protein phosphorylation)
KEGG-
PfamPF00023 (Ank); PF00069 (Pkinase); PF07714 (PK_Tyr_Ser-Thr); PF12796 (Ank_2)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130985268

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytosol 细胞质基质 1.00000 XP_057764132.1
2 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057764132.1
3 Cytoplasm 细胞质 0.80000 XP_057764132.1
4 Growth cone Growth cone 0.20000 XP_057764132.1
5 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057764132.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr5:4493586 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C51
Chr5:4494177 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B65,C61
Chr5:4494722 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C20

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057764132.1
454 aa
N
1
227
454
Ank_2
Ank
PK_Tyr_Ser-Thr
Pkinase
C
PF12796 Ank_2 37-124 aa PF00023 Ank 65-97 aa PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 155-406 aa PF00069 Pkinase 166-403 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057764132.1 Pfam PF12796 Ank_2 Repeat 37 124 1.3e-14 55.2 Ankyrin repeats (3 copies)
XP_057764132.1 Pfam PF00023 Ank Repeat 65 97 1.8e-12 47.5 Ankyrin repeat
XP_057764132.1 Pfam PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr Domain 155 406 5e-56 190.6 Protein tyrosine and serine/threonine kinase
XP_057764132.1 Pfam PF00069 Pkinase Domain 166 403 3.3e-52 178.2 Protein kinase domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057908149.1
AAACAAAATCAACATATATTTGCTAACCATAAATTCACAATTTTCACCTTACAACCGAACAAACCCTAACATCTCTTGGCCGAAATGCAGCACTTTATTTGTGATTGCTTAATTCTTAGATTCTACGCAGTTACCATAGACAAATTTTTGTTATCATAATCTGCGTAAGAACTCCGGTTTTCAACTTCTGCCTCTTTGAAAATATAAGGTTTAATCACTGAATTTGTAAAGCACCGTTGATTCTCTCGCATTAAAAACAA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130985268
ATGGCTGCGAAACGCGCTCCTTTGAAGCAATCGTCCATGGCGCCCAAGGGGGAGACAGATAAAAACAACGTAGGTGGCGACGCGAATGACATGGATCCAGGTTTGAAGCTCATGTATATGACCAACGAACGTGATTTGGACGGCATCAAGGAGCTTCTAGACTCCGGCACCGACGTCAATTTCCGCGATATCGATAACCGGACTGCCCTTCACGTCGCCGCATGCCAAGGCTTTGCCGATGTTGCCAACCTCTTGCTTCA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057764132.1
MAAKRAPLKQSSMAPKGETDKNNVGGDANDMDPGLKLMYMTNERDLDGIKELLDSGTDVNFRDIDNRTALHVAACQGFADVANLLLQNGAHVDLKDRWGGTPLADAIHYKNHDVIKLLETHGAKQVLAPMRVENAGQLPDYEIDPKEIDFTNSVEITKGTFKLATWAGTQVAVKVFYEGAADENKVRAFRDELSLLLSIRHPNVVQFLGAVTQSSPMMIVTEYLPKGDLHEYLKGKGSLKPAKALKFAMDIARGMNYLHE...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器