当前解析结果
SmilChr05G000598| 统一新 Gene ID | SmilChr05G000598 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr05G000598 |
| 描述 | oil body-associated protein 2A-like |
| 染色体 / SeqID | Chr05 / NC_080391.1 |
| 坐标与链方向 | 4501605 - 4502836 / - |
| NCBI Gene ID | LOC130985313 |
|---|---|
| GeneID | 130985313 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130985313 |
| 原始查询 | SmilChr05G000598 |
| 来源 | GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | oil body-associated protein 2A-like |
| 产物 | oil body-associated protein 2A-like |
| Arabidopsis | AT5G45690 (AT5G45690)histone acetyltransferase (DUF1264) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:834608] identity=59; qcov=1.01; evalue=6.12e-110; confidence=high |
| Rice | Os01g0728700- identity=59.2; qcov=1.01; evalue=1.8e-112; confidence=high |
| GO | - |
| KEGG | - |
| Pfam | PF06884 (DUF1264) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130985313 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Nucleus | 细胞核 | 1.00000 | XP_057764212.1 |
| 2 | Cytoplasm | 细胞质 | 0.80000 | XP_057764212.1 |
| 3 | Cytosol | 细胞质基质 | 0.60000 | XP_057764212.1 |
| 4 | Nucleoplasm | 核质 | 0.20000 | XP_057764212.1 |
| 5 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057764212.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr5:4501709 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C50 |
Chr5:4501764 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B75,B84,C10,C40,C75 |
Chr5:4501869 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B122,C49,D4,D5 |
Chr5:4501918 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C3 |
Chr5:4501925 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B30 |
Chr5:4502172 |
TC |
T |
1bp_deletion | frameshift_variant | 5 | A23,B41,C48,C53,C75 |
Chr5:4502172 |
TC |
T |
1bp_deletion | CDS_variant | 5 | A23,B41,C48,C53,C75 |
Chr5:4502174 |
CCA |
C |
2bp_deletion | frameshift_variant | 1 | C26 |
Chr5:4502174 |
CCA |
C |
2bp_deletion | CDS_variant | 1 | C26 |
Chr5:4502175 |
C |
CA |
1bp_insertion | frameshift_variant | 57 | A10,A16,A20,A23,A24,A7,B10,B104,B128,B138,B139,B14,B2,B32,B36,B38,B39,B41,B46,B47,B59,B61,B66,B69,B70,B71,B73,B76,B82,B88,B89,C13,C14,C15,C16,C18,C2,C33,C34,C48,C51,C52,C53,C57,C60,C66,C69,C72,C75,C76,C77,C8,C81,C83,C85,D3,D7 |
Chr5:4502191 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | A14 |
Chr5:4502257 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B27 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057764212.1PF06884
DUF1264 41-124 aa
PF06884
DUF1264 145-231 aa
XP_057764213.1PF06884
DUF1264 41-208 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057764212.1 |
Pfam | PF06884 |
DUF1264 | Family | 41 | 124 | 1e-61 | 208.2 | Protein of unknown function (DUF1264) |
XP_057764212.1 |
Pfam | PF06884 |
DUF1264 | Family | 145 | 231 | 1e-61 | 208.2 | Protein of unknown function (DUF1264) |
XP_057764213.1 |
Pfam | PF06884 |
DUF1264 | Family | 41 | 208 | 1.3e-67 | 227.4 | Protein of unknown function (DUF1264) |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
2 records
下载 cDNA FASTA2 records
下载 CDS FASTA2 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。