当前解析结果
SmilChr05G000599| 统一新 Gene ID | SmilChr05G000599 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr05G000599 |
| 描述 | protein NRT1/ PTR FAMILY 4.5-like |
| 染色体 / SeqID | Chr05 / NC_080391.1 |
| 坐标与链方向 | 4505176 - 4507294 / - |
| NCBI Gene ID | LOC130985251 |
|---|---|
| GeneID | 130985251 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130985251 |
| 原始查询 | SmilChr05G000599 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | protein NRT1/ PTR FAMILY 4.5-like |
| 产物 | protein NRT1/ PTR FAMILY 4.5-like |
| Arabidopsis | AT1G27040 (AT1G27040)Major facilitator superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:839593] identity=44.6; qcov=0.952; evalue=1.24e-163; confidence=medium |
| Rice | Os01g0748950- identity=58.1; qcov=0.986; evalue=0; confidence=high |
| GO | GO:0016020 (membrane); GO:0022857 (transmembrane transporter activity); GO:0055085 (transmembrane transport) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00854 (PTR2) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130985251 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cell membrane | 细胞膜 | 1.00000 | XP_057764097.1 |
| 2 | Vacuole | 液泡 | 0.20000 | XP_057764097.1 |
| 3 | Vacuole membrane | 液泡膜 | 0.20000 | XP_057764097.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr5:4505377 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C10 |
Chr5:4505396 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C59 |
Chr5:4505456 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B2 |
Chr5:4505468 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B65 |
Chr5:4505564 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B11,B115,B16,B46,C68 |
Chr5:4505900 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B29 |
Chr5:4506237 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B118,B6,C63 |
Chr5:4506253 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | A13,B136 |
Chr5:4506259 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | C12,C20,C6 |
Chr5:4506263 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | A13,B136,B75 |
Chr5:4506433 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | A5,B136 |
Chr5:4506504 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C61 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057764097.1PF00854
PTR2 94-520 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057764097.1 |
Pfam | PF00854 |
PTR2 | Family | 94 | 520 | 3.5e-91 | 306.8 | POT family |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。