当前解析结果
SmilChr05G000600| 统一新 Gene ID | SmilChr05G000600 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr05G000600 |
| 描述 | MACPF domain-containing protein CAD1-like |
| 染色体 / SeqID | Chr05 / NC_080391.1 |
| 坐标与链方向 | 4508429 - 4513020 / - |
| NCBI Gene ID | LOC130985253 |
|---|---|
| GeneID | 130985253 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130985253 |
| 原始查询 | SmilChr05G000600 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | MACPF domain-containing protein CAD1-like |
| 产物 | MACPF domain-containing protein CAD1-like |
| Arabidopsis | AT1G29690 (CAD1)MAC/Perforin domain-containing protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:839846] identity=74.3; qcov=0.984; evalue=0; confidence=high |
| Rice | Os01g0748900- identity=62.3; qcov=0.989; evalue=0; confidence=high |
| GO | GO:0005886 (plasma membrane); GO:0009626 (plant-type hypersensitive response); GO:2000031 (regulation of salicylic acid mediated signaling pathway) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF01823 (MACPF) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130985253 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cytosol | 细胞质基质 | 1.00000 | XP_057764103.1 |
| 2 | Cytoplasm | 细胞质 | 0.40000 | XP_057764103.1 |
| 3 | Secreted | 分泌到胞外 | 0.20000 | XP_057764103.1 |
| 4 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057764103.1 |
| 5 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057764103.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr5:4508787 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B11 |
Chr5:4508899 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B9,C80,C85 |
Chr5:4508959 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B136,C84 |
Chr5:4510277 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B136 |
Chr5:4511956 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B14 |
Chr5:4511973 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B11 |
Chr5:4512569 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B26,B94,D10 |
Chr5:4512579 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B26,B94,D10 |
Chr5:4512821 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B123 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057764103.1PF01823
MACPF 27-309 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057764103.1 |
Pfam | PF01823 |
MACPF | Domain | 27 | 309 | 1.7e-27 | 97.5 | MAC/Perforin domain |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。