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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr05G000613

染色体: Chr05 坐标: 4610292-4612813 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr05G000613
名称SmilChr05G000613
描述ER lumen protein-retaining receptor A
染色体 / SeqIDChr05 / NC_080391.1
坐标与链方向4610292 - 4612813 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130985331
GeneID130985331
locus_tag-
NCBI NameLOC130985331
原始查询SmilChr05G000613

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述ER lumen protein-retaining receptor A
产物ER lumen protein-retaining receptor A
ArabidopsisAT1G29330 (ERD2)
ER lumen protein retaining receptor family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:839807]
identity=82.3; qcov=1; evalue=1.02e-136; confidence=high
RiceOs05g0529300
-
identity=77.2; qcov=1; evalue=3.95e-124; confidence=high
GOGO:0005783 (endoplasmic reticulum); GO:0005801 (cis-Golgi network); GO:0006621 (protein retention in ER lumen); GO:0006888 (endoplasmic reticulum to Golgi vesicle-mediated transport); GO:0016020 (membrane); GO:0046923 (ER lumen protein retrieval receptor activity)
KEGG-
PfamPF00810 (ER_lumen_recept)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130985331

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Golgi apparatus 高尔基体 0.80000 XP_057764246.1
2 Vesicle 囊泡 0.80000 XP_057764246.1
3 Endoplasmic reticulum 内质网 0.60000 XP_057764246.1
4 Endoplasmic reticulum membrane 内质网膜 0.60000 XP_057764246.1
5 Cis-golgi network Cis-golgi network 0.60000 XP_057764246.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr5:4611159 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B113,B128,B2
Chr5:4611206 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B65
Chr5:4611315 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A7,B136,B57,B66
Chr5:4611396 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B44,C23
Chr5:4611702 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B23
Chr5:4612205 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B21,B58
Chr5:4612228 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B104,B25,C11,D7
Chr5:4612229 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B110,B6,B88,C22
Chr5:4612311 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B114,B125,B38,C13
Chr5:4612320 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B129
Chr5:4612470 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B69

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057764246.1
215 aa
N
1
108
215
ER_lumen_recept
C
PF00810 ER_lumen_recept 28-171 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057764246.1 Pfam PF00810 ER_lumen_recept Repeat 28 171 1.4e-59 201.8 ER lumen protein retaining receptor

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057908263.1
TCACTTCTCGTCTCGTCTCGTCTCGTCTCCAATTTTTCAATTACGAGTATTTTTCTTTGCGTAAAAGTTTAAACTCCAAAACCTCCCTCACCTCTTCATTCTTTTCCCTTTCTGCCAAAAAACAATAAAGAAAAAAAAAACATAAAAAGGAAGAAGGAAGAAAAAAATTTCGAACTCTAAGAACTTCGCAACGATGAATGTTTTCAGATTTATTGGTGATATGACGCATTTGGTCAGCATTTTAGTGCTTCTCCTCAAAA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130985331
ATGAATGTTTTCAGATTTATTGGTGATATGACGCATTTGGTCAGCATTTTAGTGCTTCTCCTCAAAATCTATGCGACCAAATCGTGTTCAGGGATTTCCTTAAAGACTCAGGAACTGTATGCAATTGTCTTCTTGACTCGGTACCTTGATTTGTTTACTGACTTCATCTCCGTGTATAATGCCATAATGAAAGTGGTGTTCATTGCAAGCTCTTTGGCGATTGTTTGGTATATGAGGTTTCACCCAGTAATTAGACGATC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057764246.1
MNVFRFIGDMTHLVSILVLLLKIYATKSCSGISLKTQELYAIVFLTRYLDLFTDFISVYNAIMKVVFIASSLAIVWYMRFHPVIRRSYDRELDTFRHYFLVGACFLLALFVNEKFSFEEVFWAFSIYLEAVAILPQLVLLQRSGNVDNLAGQYVFFLGAYRAFYILNWIYRYFTEDHFTRWIACVSGLVQTALYADFFYYYFISWKNNSKLKLPA

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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