Red Sage Omics 丹参基因组信息平台
首页 基因查询 ID 对照表 功能注释 结构域预测 Pfam 基因组工具 蛋白互作 亚细胞定位 表达量 共表达 同源/共线性 GO/KEGG 注释 TF 结合位点 TF 靶基因 EMS 突变 JBrowse BLAST 下载 关于 帮助
数据资源
ID 对照表 功能注释 功能检索 次生代谢专题 文献证据 结构域预测 Pfam 同源/共线性
分析工具
基因组工具 引物设计 同源重组引物设计 核酸翻译 BLAST 蛋白互作 亚细胞定位 共表达 GO/KEGG 注释 功能检索
调控/突变
TF 结合位点 TF 靶基因 EMS 突变
帮助
关于 帮助 资源与版本
中文 EN

Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr05G000616

染色体: Chr05 坐标: 4647466-4666270 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr05G000616
名称SmilChr05G000616
描述protein HIGH CHLOROPHYLL FLUORESCENCE PHENOTYPE 173, chloroplastic
染色体 / SeqIDChr05 / NC_080391.1
坐标与链方向4647466 - 4666270 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130985250
GeneID130985250
locus_tag-
NCBI NameLOC130985250
原始查询SmilChr05G000616

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述protein HIGH CHLOROPHYLL FLUORESCENCE PHENOTYPE 173, chloroplastic
产物protein HIGH CHLOROPHYLL FLUORESCENCE PHENOTYPE 173%2C chloroplastic
ArabidopsisAT4G18810 (AT4G18810)
NAD(P)-binding Rossmann-fold superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:827615]
identity=71.3; qcov=0.944; evalue=0; confidence=high
RiceOs02g0234500
-
identity=72.5; qcov=0.87; evalue=0; confidence=high
GO-
KEGG-
PfamPF01370 (Epimerase); PF02254 (TrkA_N); PF05368 (NmrA); PF08547 (CIA30); PF13460 (NAD_binding_10)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130985250

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Chloroplast 叶绿体 1.00000 XP_057764095.1
2 Chloroplast stroma 叶绿体基质 1.00000 XP_057764095.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057764095.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057764095.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057764095.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr5:4647581 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A11,B68,B75,D4
Chr5:4661155 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B59
Chr5:4661160 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B47,B48,C55
Chr5:4661201 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B16
Chr5:4661705 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B113,B2
Chr5:4661743 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B23
Chr5:4662971 AT A 1bp_deletion frameshift_variant 1 C15
Chr5:4662971 AT A 1bp_deletion CDS_variant 1 C15
Chr5:4662974 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C15
Chr5:4663072 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B42,B43,B81,B90,B92
Chr5:4663076 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B54,B86
Chr5:4664499 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C80

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057764095.1
602 aa
N
1
301
602
NmrA
Epimerase
TrkA_N
NAD_binding_10
CIA30
NAD_binding_10
C
PF05368 NmrA 130-202 aa PF01370 Epimerase 131-203 aa PF02254 TrkA_N 132-200 aa PF13460 NAD_binding_10 135-251 aa PF08547 CIA30 272-434 aa PF13460 NAD_binding_10 446-546 aa
XP_057764096.1
602 aa
N
1
301
602
NmrA
Epimerase
TrkA_N
NAD_binding_10
CIA30
NAD_binding_10
C
PF05368 NmrA 130-202 aa PF01370 Epimerase 131-203 aa PF02254 TrkA_N 132-200 aa PF13460 NAD_binding_10 135-251 aa PF08547 CIA30 272-434 aa PF13460 NAD_binding_10 446-546 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057764095.1 Pfam PF05368 NmrA Family 130 202 4.1e-09 37.2 NmrA-like family
XP_057764095.1 Pfam PF01370 Epimerase Family 131 203 2.7e-07 30.9 NAD dependent epimerase/dehydratase family
XP_057764095.1 Pfam PF02254 TrkA_N Domain 132 200 4.1e-05 24.6 TrkA-N domain
XP_057764095.1 Pfam PF13460 NAD_binding_10 Domain 135 251 1.4e-27 97.5 NAD(P)H-binding
XP_057764095.1 Pfam PF08547 CIA30 Family 272 434 3e-43 148.3 Complex I intermediate-associated protein 30 (CIA30)
XP_057764095.1 Pfam PF13460 NAD_binding_10 Domain 446 546 1.4e-27 97.5 NAD(P)H-binding
XP_057764096.1 Pfam PF05368 NmrA Family 130 202 4.1e-09 37.2 NmrA-like family
XP_057764096.1 Pfam PF01370 Epimerase Family 131 203 2.7e-07 30.9 NAD dependent epimerase/dehydratase family
XP_057764096.1 Pfam PF02254 TrkA_N Domain 132 200 4.1e-05 24.6 TrkA-N domain
XP_057764096.1 Pfam PF13460 NAD_binding_10 Domain 135 251 1.4e-27 97.5 NAD(P)H-binding
XP_057764096.1 Pfam PF08547 CIA30 Family 272 434 3e-43 148.3 Complex I intermediate-associated protein 30 (CIA30)
XP_057764096.1 Pfam PF13460 NAD_binding_10 Domain 446 546 1.4e-27 97.5 NAD(P)H-binding

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA
XM_057908113.1
ATGTGGTGCGAGATGATTCTACTCAACTCTTCTGTACCTGCAGCTATGATTTATATTGCTTAAAATTAATCGCCTGAAGCAATAATCATGGAGTGTCATTGCCTTTCTACTGTAGGTGTAGCTCACCCTTATTCTTCTTCTTTATCCTGCTCAAGAATTCCGAGCTTTCAGGGTGCCTCAATTATTGGCTGTAAATTACCTAAATCATCTCCATATTCATCTCCCCTTCCAAGTTCTTTCCTCCCCCTTAAATTTGAGCC...
XM_057908112.1
TATTATGTGGTGCGAGATGATTCTACGCAACTCTTCTGTACCTGCAGCTATGATTTATATTGCTTAAAATTAATCGCCTGAAGCAATAATCATGGAGTGTCATTGCCTTTCTACTGTAGGTGTAGCTCACCCTTATTCTTCTTCTTTATCCTGCTCAAGAATACCGAGCTTTCAGGGTGCCTCAATTATTGGCTGTAAATTACCTAAATCATCTCCATATTCATCTCCCCTTCCAAGTTCTTTCCTCCCCCTTAAATTTG...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA
LOC130985250
ATGGAGTGTCATTGCCTTTCTACTGTAGGTGTAGCTCACCCTTATTCTTCTTCTTTATCCTGCTCAAGAATTCCGAGCTTTCAGGGTGCCTCAATTATTGGCTGTAAATTACCTAAATCATCTCCATATTCATCTCCCCTTCCAAGTTCTTTCCTCCCCCTTAAATTTGAGCCGGCTGTTTACCAGAAAAAGTTGTCATTCCATTCTTTGAGATCCTACAAAGGGCGCATTCGAGCTGAAAAGCAAGGTTGGGATGTAGG...
LOC130985250
ATGGAGTGTCATTGCCTTTCTACTGTAGGTGTAGCTCACCCTTATTCTTCTTCTTTATCCTGCTCAAGAATACCGAGCTTTCAGGGTGCCTCAATTATTGGCTGTAAATTACCTAAATCATCTCCATATTCATCTCCCCTTCCAAGTTCTTTCCTCCCCCTTAAATTTGAGCCGGCTGTTTACCAGAAAAAGTTGTCATTCCATTCTTTGAGATCCTACAAAGGGCGCATTCGAGCTGAAAAGCAAGGTTGGGATGTAGG...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA
XP_057764095.1
MECHCLSTVGVAHPYSSSLSCSRIPSFQGASIIGCKLPKSSPYSSPLPSSFLPLKFEPAVYQKKLSFHSLRSYKGRIRAEKQGWDVGRFWKTLSFFDQLPSPGKLFAFLIEKLSDPSPSRAVKPMDTSGIVLVAGATGGVGRRVVDLLRKNGQAVRVLVRNEEKARKMLGEDVDLIVGDITKASTLQPKYFKGVKSVINAVSVIVGPKEGDTPDRAKYSQGIKFFEPEIKGDSPEMVEFIGMKNLISAVKESVGLRSGKL...
XP_057764096.1
MECHCLSTVGVAHPYSSSLSCSRIPSFQGASIIGCKLPKSSPYSSPLPSSFLPLKFEPAVYQKKLSFHSLRSYKGRIRAEKQGWDVGRFWKTLSFFDQLPSPGKLFAFLIEKLSDPSPSRAVKPMDTSGIVLVAGATGGVGRRVVDLLRKNGQAVRVLVRNEEKARKMLGEDVDLIVGDITKASTLQPKYFKGVKSVINAVSVIVGPKEGDTPDRAKYSQGIKFFEPEIKGDSPEMVEFIGMKNLISAVKESVGLRSGKL...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器