Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr05G000622`

染色体: Chr05 坐标: 4703618-4705258 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr05G000622`
名称	SmilChr05G000622
描述	uncharacterized SmilChr05G000622
染色体 / SeqID	Chr05 / NC_080391.1
坐标与链方向	4703618 - 4705258 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131024810`
GeneID	`131024810`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131024810`
原始查询	`SmilChr05G000622`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	hit=Os06g0597250; species=rice; confidence=medium
产物	hit=Os06g0597250; species=rice; confidence=medium
Arabidopsis	`AT2G13770` (AT2G13770) nuclease [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:815861] identity=37.2; qcov=0.929; evalue=3.35e-19; confidence=low
Rice	`Os06g0597250` - identity=53.2; qcov=0.699; evalue=4.1e-34; confidence=medium
GO	-
KEGG	-
Pfam	PF28509 (DUF8418)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131024810

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057810329.1`
2	Chromosome	染色体	0.20000	`XP_057810329.1`
3	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057810329.1`
4	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057810329.1`
5	Telomere	端粒	0.00000	`XP_057810329.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr5:4705141`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D10
`Chr5:4705192`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D11
`Chr5:4705220`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B104
`Chr5:4705244`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B103,C79

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057810329.1

156 aa

156

DUF8418

PF28509 DUF8418 60-98 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057810329.1`	Pfam	`PF28509`	DUF8418	Domain	60	98	2.8e-20	72.5	Domain of unknown function (DUF8418)

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057954346.1
ATGGCGGAATCCGACCACGGTTCTTCGTCTGATTCATCCGACGGTGTAGCTAATGCGATCATGGAGGAGATAGAGTTGCATAATCAAGTGCTTGCTCACATCTATGGCCAGCCGGCTCCGGAGGCGGGACGTGTGAAACGTCCCCGATCTTACGTCCACCGTGATAGAGAGGAAGCCCACCTACGTCTTATGCAAGACTACTTCCACGACAATCCGACGTACGGACCTACATTTTTCCGGCGGCGTTTTCGAATGCAAAA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131024810
ATGGCGGAATCCGACCACGGTTCTTCGTCTGATTCATCCGACGGTGTAGCTAATGCGATCATGGAGGAGATAGAGTTGCATAATCAAGTGCTTGCTCACATCTATGGCCAGCCGGCTCCGGAGGCGGGACGTGTGAAACGTCCCCGATCTTACGTCCACCGTGATAGAGAGGAAGCCCACCTACGTCTTATGCAAGACTACTTCCACGACAATCCGACGTACGGACCTACATTTTTCCGGCGGCGTTTTCGAATGCAAAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057810329.1
MAESDHGSSSDSSDGVANAIMEEIELHNQVLAHIYGQPAPEAGRVKRPRSYVHRDREEAHLRLMQDYFHDNPTYGPTFFRRRFRMQKELFLRIVEAVQGVDTFFHMTTDAIGRDSLSPLQKCTSAIRQLATGLSADTFDEYLRVADSTGRVCLKKL

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器