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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr05G000624

染色体: Chr05 坐标: 4722316-4723801 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr05G000624
名称SmilChr05G000624
描述receptor-like protein 51
染色体 / SeqIDChr05 / NC_080391.1
坐标与链方向4722316 - 4723801 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130985271
GeneID130985271
locus_tag-
NCBI NameLOC130985271
原始查询SmilChr05G000624

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述receptor-like protein 51
产物receptor-like protein 51
ArabidopsisAT4G18760 (RLP51)
receptor like protein 51 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:827610]
identity=58.7; qcov=0.885; evalue=7.8e-141; confidence=high
RiceOs01g0750400
-
identity=50.4; qcov=0.57; evalue=9.97e-77; confidence=medium
GOGO:0005515 (protein binding)
KEGG-
PfamPF00560 (LRR_1); PF13855 (LRR_8)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130985271

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057764153.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057764153.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057764153.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057764153.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057764153.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr5:4722419 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B22
Chr5:4722650 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B100,B63,C59,D11
Chr5:4722836 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B91,C35
Chr5:4722874 TG T 1bp_deletion frameshift_variant 1 C86
Chr5:4722874 TG T 1bp_deletion CDS_variant 1 C86
Chr5:4722978 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B136
Chr5:4723205 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B128
Chr5:4723277 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D6
Chr5:4723280 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D6
Chr5:4723469 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A2
Chr5:4723520 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B101
Chr5:4723649 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D6

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057764153.1
435 aa
N
1
218
435
LRR_8
LRR_1
LRR_1
LRR_8
LRR_1
LRR_8
LRR_1
C
PF13855 LRR_8 213-273 aa PF00560 LRR_1 214-236 aa PF00560 LRR_1 238-260 aa PF13855 LRR_8 238-297 aa PF00560 LRR_1 262-283 aa PF13855 LRR_8 262-320 aa PF00560 LRR_1 287-307 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057764153.1 Pfam PF13855 LRR_8 Repeat 213 273 3.5e-22 78.6 Leucine rich repeat
XP_057764153.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 214 236 1.1e-16 58.0 Leucine Rich Repeat
XP_057764153.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 238 260 1.1e-16 58.0 Leucine Rich Repeat
XP_057764153.1 Pfam PF13855 LRR_8 Repeat 238 297 3.5e-22 78.6 Leucine rich repeat
XP_057764153.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 262 283 1.1e-16 58.0 Leucine Rich Repeat
XP_057764153.1 Pfam PF13855 LRR_8 Repeat 262 320 3.5e-22 78.6 Leucine rich repeat
XP_057764153.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 287 307 1.1e-16 58.0 Leucine Rich Repeat

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057908170.1
CTCACCCCTACAACATAAAACTCGACAAAAATTGTCCGAACTCACAAACTAAATCTTTTATTACAATGGCAAAAATTGCACCAGATCCTTCTCCCCTCCTCATCTTCCTCCTCCTCCTCCACCACGCCACCGCCGCAATGCCCCCCACCTCGTCGCCGTCCGCCCCCACCCCCTCCTCCACCCCTACCCCGAAACCCCCCTCCCGATCCTCCCCCATTTCCTCCTCAACCCTCGACCCCAAACAGCTCCGAGCACTCCAA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130985271
ATGGCAAAAATTGCACCAGATCCTTCTCCCCTCCTCATCTTCCTCCTCCTCCTCCACCACGCCACCGCCGCAATGCCCCCCACCTCGTCGCCGTCCGCCCCCACCCCCTCCTCCACCCCTACCCCGAAACCCCCCTCCCGATCCTCCCCCATTTCCTCCTCAACCCTCGACCCCAAACAGCTCCGAGCACTCCAATCCCTCAACATCCCCACCTCCAAAGACCCCTGCTCCCCATCGCCGCCGCACTCCGCCGCCGCATC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057764153.1
MAKIAPDPSPLLIFLLLLHHATAAMPPTSSPSAPTPSSTPTPKPPSRSSPISSSTLDPKQLRALQSLNIPTSKDPCSPSPPHSAAASCDSSAPFRHLLSLTLSNCSEDVALSLTALKSLSTLTSLSFVNCPVTPIRFPAELTSNLHSFTCINSLEKLTGVWLSRLQNVTDLTVSHVGVTASGPTIILGGMKFLHSVTLSHTNLSGYLPKHWHPNLTFVDLSANHLRGKIPISLTRLENLVHLNLSSNSLNETIPTTIGDL...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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