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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr05G000629

染色体: Chr05 坐标: 4741423-4748714 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr05G000629
名称SmilChr05G000629
描述uncharacterized SmilChr05G000629
染色体 / SeqIDChr05 / NC_080391.1
坐标与链方向4741423 - 4748714 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130985270
GeneID130985270
locus_tag-
NCBI NameLOC130985270
原始查询SmilChr05G000629

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述transcriptional regulator family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:839796]; symbol=AT1G29220; hit=AT1G29220; species=arabidopsis; confidence=high
产物transcriptional regulator family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:839796]; symbol=AT1G29220; hit=AT1G29220; species=arabidopsis; confidence=high
ArabidopsisAT1G29220 (AT1G29220)
transcriptional regulator family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:839796]
identity=57.9; qcov=0.633; evalue=2.11e-94; confidence=high
RiceOs01g0759700 (B1131G08.43-1)
-
identity=49.9; qcov=0.759; evalue=1.58e-91; confidence=high
GOGO:0005634 (nucleus); GO:0006355 (regulation of DNA-templated transcription)
KEGG-
PfamPF07818 (HCNGP)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130985270

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057764134.1
2 Nucleoplasm 核质 0.40000 XP_057764134.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057764134.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057764134.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057764134.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr5:4742513 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A7,C60
Chr5:4742699 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C8
Chr5:4742773 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B132,B98
Chr5:4744322 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B22,B91
Chr5:4744411 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B123,B22,B42,B43,B91
Chr5:4745246 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B49,C25
Chr5:4745274 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B118
Chr5:4745324 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B122
Chr5:4745391 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C47,D11
Chr5:4745438 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C3
Chr5:4746044 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B77
Chr5:4746146 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C74

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057764134.1
438 aa
N
1
219
438
HCNGP
C
PF07818 HCNGP 228-322 aa
XP_057764136.1
438 aa
N
1
219
438
HCNGP
C
PF07818 HCNGP 228-322 aa
XP_057764137.1
438 aa
N
1
219
438
HCNGP
C
PF07818 HCNGP 228-322 aa
XP_057764138.1
438 aa
N
1
219
438
HCNGP
C
PF07818 HCNGP 228-322 aa
XP_057764139.1
437 aa
N
1
218
437
HCNGP
C
PF07818 HCNGP 228-321 aa
XP_057764140.1
437 aa
N
1
218
437
HCNGP
C
PF07818 HCNGP 228-321 aa
XP_057764141.1
437 aa
N
1
218
437
HCNGP
C
PF07818 HCNGP 228-321 aa
XP_057764142.1
437 aa
N
1
218
437
HCNGP
C
PF07818 HCNGP 228-321 aa
XP_057764143.1
432 aa
N
1
216
432
HCNGP
C
PF07818 HCNGP 222-316 aa
XP_057764145.1
432 aa
N
1
216
432
HCNGP
C
PF07818 HCNGP 222-316 aa
XP_057764146.1
432 aa
N
1
216
432
HCNGP
C
PF07818 HCNGP 222-316 aa
XP_057764147.1
432 aa
N
1
216
432
HCNGP
C
PF07818 HCNGP 222-316 aa
XP_057764148.1
431 aa
N
1
216
431
HCNGP
C
PF07818 HCNGP 222-315 aa
XP_057764149.1
431 aa
N
1
216
431
HCNGP
C
PF07818 HCNGP 222-315 aa
XP_057764150.1
431 aa
N
1
216
431
HCNGP
C
PF07818 HCNGP 222-315 aa
XP_057764151.1
431 aa
N
1
216
431
HCNGP
C
PF07818 HCNGP 222-315 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057764134.1 Pfam PF07818 HCNGP Family 228 322 4e-30 104.9 HCNGP-like protein
XP_057764136.1 Pfam PF07818 HCNGP Family 228 322 4e-30 104.9 HCNGP-like protein
XP_057764137.1 Pfam PF07818 HCNGP Family 228 322 4e-30 104.9 HCNGP-like protein
XP_057764138.1 Pfam PF07818 HCNGP Family 228 322 4e-30 104.9 HCNGP-like protein
XP_057764139.1 Pfam PF07818 HCNGP Family 228 321 6.7e-29 101.0 HCNGP-like protein
XP_057764140.1 Pfam PF07818 HCNGP Family 228 321 6.7e-29 101.0 HCNGP-like protein
XP_057764141.1 Pfam PF07818 HCNGP Family 228 321 6.7e-29 101.0 HCNGP-like protein
XP_057764142.1 Pfam PF07818 HCNGP Family 228 321 6.7e-29 101.0 HCNGP-like protein
XP_057764143.1 Pfam PF07818 HCNGP Family 222 316 3.8e-30 105.0 HCNGP-like protein
XP_057764145.1 Pfam PF07818 HCNGP Family 222 316 3.8e-30 105.0 HCNGP-like protein
XP_057764146.1 Pfam PF07818 HCNGP Family 222 316 3.8e-30 105.0 HCNGP-like protein
XP_057764147.1 Pfam PF07818 HCNGP Family 222 316 3.8e-30 105.0 HCNGP-like protein
XP_057764148.1 Pfam PF07818 HCNGP Family 222 315 6.4e-29 101.1 HCNGP-like protein
XP_057764149.1 Pfam PF07818 HCNGP Family 222 315 6.4e-29 101.1 HCNGP-like protein
XP_057764150.1 Pfam PF07818 HCNGP Family 222 315 6.4e-29 101.1 HCNGP-like protein
XP_057764151.1 Pfam PF07818 HCNGP Family 222 315 6.4e-29 101.1 HCNGP-like protein

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

26 records

下载 cDNA FASTA
XR_009088944.1
AGAATAGCTGAAATCTCAAATCTGAATAGGGCTTCGGTTCTTTGACTTCTTTTGTTCCAGACTTAACTCCAATTTGCCGCTGATTCCATTCTTGCGAGGATTTGCGAGGGTTGAGGGAAATTAAGAAGGCAGCGCCGGCCACGTCGTGAGCACCTCTTCTCACCGGCGCATCGACTATTATCTTCCAACCCACGTCGCCGGTCTGCACCTGAGCGCCTTCGGCCTTGAGTCCACGCCTGAGAGCCTACGGCGGTCCAGCA...
XR_009088941.1
AGAATAGCTGAAATCTCAAATCTGAATAGGGCTTCGGTTCTTTGACTTCTTTTGTTCCAGACTTAACTCCAATTTGCCGCTGATTCCATTCTTGCGAGGATTTGCGAGGGTTGAGGGAAATTAAGAAGGCAGCGCCGGCCACGTCGTGAGCACCTCTTCTCACCGGCGCATCGACTATTATCTTCCAACCCACGTCGCCGGTCTGCACCTGAGCGCCTTCGGCCTTGAGTCCACGCCTGAGAGCCTACGGCGGTCCAGCA...

CDS

16 records

下载 CDS FASTA
LOC130985270
ATGGCATCCGAGAAGAAGGCGTCGGAGGGCATAGCGTTGCTCTCGATGTACGGCGACGAAGATGACGAGATGGAAGAACTCGATGAGGAAGTAGAAAACATTCATGAAGATGGAATTCCCCCGCCGGCGTCGGATGCCGTCGCCGTGAACGAGAATGATGGTATTAACGATTACGGCAATGAACAAATGCAGCGGCAACAGGAAGAGAGAGGTCAATTCAACGACTACACTCCTCCAGCATCCGCGACTCCGCAGCAAAA...
LOC130985270
ATGGCATCCGAGAAGAAGGCGTCGGAGGGCATAGCGTTGCTCTCGATGTACGGCGACGAAGATGACGAGATGGAAGAACTCGATGAGGAAGTAGAAAACATTCATGAAGATGGAATTCCCCCGCCGGCGTCGGATGCCGTCGCCGTGAACGAGAATGATGGTATTAACGATTACGGCAATGAACAAATGCAGCGGCAACAGGAAGAGAGAGGTCAATTCAACGACTACACTCCTCCAGCATCCGCGACTCCGCAGCAAAA...

Protein

16 records

下载 Protein FASTA
XP_057764134.1
MASEKKASEGIALLSMYGDEDDEMEELDEEVENIHEDGIPPPASDAVAVNENDGINDYGNEQMQRQQEERGQFNDYTPPASATPQQNLFSPQERMQAQHFSSDLNNVQSQKSRLTIVDYGHEEGAMSPEAEEGEIMATGRVTYGEQLQSSDVTACALGESREKISPGMARHPTPSTQGATPQSLEPADQPESDAMNYATNESEAAGTEDAVMGSVEDQKDVDPLDDFLPPPPKAKCSEELQEKISRFLALKKTTGRSFNA...
XP_057764136.1
MASEKKASEGIALLSMYGDEDDEMEELDEEVENIHEDGIPPPASDAVAVNENDGINDYGNEQMQRQQEERGQFNDYTPPASATPQQNLFSPQERMQAQHFSSDLNNVQSQKSRLTIVDYGHEEGAMSPEAEEGEIMATGRVTYGEQLQSSDVTACALGESREKISPGMARHPTPSTQGATPQSLEPADQPESDAMNYATNESEAAGTEDAVMGSVEDQKDVDPLDDFLPPPPKAKCSEELQEKISRFLALKKTTGRSFNA...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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