Red Sage Omics 丹参基因组信息平台
首页 基因查询 ID 对照表 功能注释 结构域预测 Pfam 基因组工具 蛋白互作 亚细胞定位 表达量 共表达 同源/共线性 GO/KEGG 注释 TF 结合位点 TF 靶基因 EMS 突变 JBrowse BLAST 下载 关于 帮助
数据资源
ID 对照表 功能注释 功能检索 次生代谢专题 文献证据 结构域预测 Pfam 同源/共线性
分析工具
基因组工具 引物设计 同源重组引物设计 核酸翻译 BLAST 蛋白互作 亚细胞定位 共表达 GO/KEGG 注释 功能检索
调控/突变
TF 结合位点 TF 靶基因 EMS 突变
帮助
关于 帮助 资源与版本
中文 EN

Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr05G000630

染色体: Chr05 坐标: 4751433-4755511 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr05G000630
名称SmilChr05G000630
描述inositol 3-kinase-like
染色体 / SeqIDChr05 / NC_080391.1
坐标与链方向4751433 - 4755511 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130985266
GeneID130985266
locus_tag-
NCBI NameLOC130985266
原始查询SmilChr05G000630

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述inositol 3-kinase-like
产物inositol 3-kinase-like
ArabidopsisAT5G58730 (Mik)
pfkB-like carbohydrate kinase family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:835987]
identity=57; qcov=0.711; evalue=5.12e-122; confidence=high
RiceOs03g0737701 (OsMIK)
-
identity=51.3; qcov=0.726; evalue=1.1e-98; confidence=high
GOGO:0010264 (myo-inositol hexakisphosphate biosynthetic process); GO:0016020 (membrane); GO:0016301 (kinase activity); GO:0140359 (ABC-type transporter activity)
KEGGsmil00562 (Inositol phosphate metabolism - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01100 (Metabolic pathways - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01110 (Biosynthesis of secondary metabolites - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
PfamPF00294 (PfkB); PF01061 (ABC2_membrane)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130985266

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Endoplasmic reticulum 内质网 1.00000 XP_057764129.1
2 Endoplasmic reticulum membrane 内质网膜 0.80000 XP_057764129.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057764129.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057764129.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057764129.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr5:4751800 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A19,A3,C26,C29,D8
Chr5:4751803 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C74
Chr5:4751825 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B27
Chr5:4751857 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A11,B41
Chr5:4751961 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B49
Chr5:4752013 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A11,B41
Chr5:4752213 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C6
Chr5:4752307 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C74
Chr5:4752440 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B118,B49,C25
Chr5:4752473 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C74
Chr5:4753692 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A11,B41,D11
Chr5:4753703 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B6,C63

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057764129.1
464 aa
N
1
232
464
PfkB
ABC2_membrane
C
PF00294 PfkB 199-270 aa PF01061 ABC2_membrane 335-461 aa
XP_057764130.1
464 aa
N
1
232
464
PfkB
ABC2_membrane
C
PF00294 PfkB 199-270 aa PF01061 ABC2_membrane 335-461 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057764129.1 Pfam PF00294 PfkB Domain 199 270 1.8e-19 70.9 pfkB family carbohydrate kinase
XP_057764129.1 Pfam PF01061 ABC2_membrane Domain 335 461 3.6e-29 102.5 ABC-2 type transporter
XP_057764130.1 Pfam PF00294 PfkB Domain 199 270 1.8e-19 70.9 pfkB family carbohydrate kinase
XP_057764130.1 Pfam PF01061 ABC2_membrane Domain 335 461 3.6e-29 102.5 ABC-2 type transporter

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

7 records

下载 cDNA FASTA
XR_009088931.1
AACTGAAACGGAGTTGACAATTGGGTTAGATAGGTTACCAAATGAATTTACGGATTGATTCCACGAACTTGTCACCATTTCGCCACCACTGCTATATTCCTCCACGCGTTGCCACCGATCAATTGCCCAAAACCCTTTTTGCTCCGCTTTTTTAACTCTGCATTTCAATGGCGTTTCGCCGGTGCCTCTGATTCCCCCTTCCCCAAAAAATGATCGAAAATCGAGGCCCCACTTCCTGCCTCGTCGTCGGCAACTACTGC...
XR_009088932.1
AACTGAAACGGAGTTGACAATTGGGTTAGATAGGTTACCAAATGAATTTACGGATTGATTCCACGAACTTGTCACCATTTCGCCACCACTGCTATATTCCTCCACGCGTTGCCACCGATCAATTGCCCAAAACCCTTTTTGCTCCGCTTTTTTAACTCTGCATTTCAATGGCGTTTCGCCGGTGCCTCTGATTCCCCCTTCCCCAAAAAATGATCGAAAATCGAGGCCCCACTTCCTGCCTCGTCGTCGGCAACTACTGC...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA
LOC130985266
ATGATCGAAAATCGAGGCCCCACTTCCTGCCTCGTCGTCGGCAACTACTGCCACGACGTCCTCATGAAAGACAGCGTCGTTCTCGCCGAGTCGCTCGGCGGCGCTGCCGCCTTCATCTCCGCCGTCCTCGACGGCGTCGCCATTGCCTCCACCTTCGTGTCCAAAGTTGGCCCGGATTTCGCCTACTCCGTGGCACGATCCCCGTCCGTTTCCGAGTCCTCCAAAACGACGGTGTTCCACGCCCATTTCTCATCGCAGGT...
LOC130985266
ATGATCGAAAATCGAGGCCCCACTTCCTGCCTCGTCGTCGGCAACTACTGCCACGACGTCCTCATGAAAGACAGCGTCGTTCTCGCCGAGTCGCTCGGCGGCGCTGCCGCCTTCATCTCCGCCGTCCTCGACGGCGTCGCCATTGCCTCCACCTTCGTGTCCAAAGTTGGCCCGGATTTCGCCTACTCCGTGGCACGATCCCCGTCCGTTTCCGAGTCCTCCAAAACGACGGTGTTCCACGCCCATTTCTCATCGCAGGT...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA
XP_057764129.1
MIENRGPTSCLVVGNYCHDVLMKDSVVLAESLGGAAAFISAVLDGVAIASTFVSKVGPDFAYSVARSPSVSESSKTTVFHAHFSSQVQRHDRVLKRVESCASITPSDLPASRRFEFGMAVGVAGEILPETLERMLDICDTVFVDVQALIRVFDPADGTVSLVHLRDSGFDHLVPRIGFLKASSDEAPYVGVEAARKECCVVVTNGEKGCTVYYRNVEHRIAPFPTVQVDPTGAGDSFLGGLVVGLIEGMPVPDAALLGNF...
XP_057764130.1
MIENRGPTSCLVVGNYCHDVLMKDSVVLAESLGGAAAFISAVLDGVAIASTFVSKVGPDFAYSVARSPSVSESSKTTVFHAHFSSQVQRHDRVLKRVESCASITPSDLPASRRFEFGMAVGVAGEILPETLERMLDICDTVFVDVQALIRVFDPADGTVSLVHLRDSGFDHLVPRIGFLKASSDEAPYVGVEAARKECCVVVTNGEKGCTVYYRNVEHRIAPFPTVQVDPTGAGDSFLGGLVVGLIEGMPVPDAALLGNF...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器