Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr05G000633`

染色体: Chr05 坐标: 4772001-4773993 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr05G000633`
名称	SmilChr05G000633
描述	CBL-interacting serine/threonine-protein kinase 12-like
染色体 / SeqID	Chr05 / NC_080391.1
坐标与链方向	4772001 - 4773993 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130985265`
GeneID	`130985265`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130985265`
原始查询	`SmilChr05G000633`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	CBL-interacting serine/threonine-protein kinase 12-like
产物	CBL-interacting serine/threonine-protein kinase 12-like
Arabidopsis	`AT4G18700` (CIPK12) CBL-interacting protein kinase 12 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:827604] identity=78.3; qcov=0.938; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os05g0514200` (OsCIPK19) - identity=63.4; qcov=1.03; evalue=0; confidence=high
GO	GO:0004672 (protein kinase activity); GO:0005524 (ATP binding); GO:0006468 (protein phosphorylation); GO:0007165 (signal transduction)
KEGG	-
Pfam	PF00069 (Pkinase); PF03109 (ABC1); PF03822 (NAF); PF07714 (PK_Tyr_Ser-Thr); PF14531 (Kinase-like)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130985265

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytosol	细胞质基质	1.00000	`XP_057764127.1`
2	Nucleus	细胞核	0.60000	`XP_057764127.1`
3	Cytoplasm	细胞质	0.60000	`XP_057764127.1`
4	Cell membrane	细胞膜	0.20000	`XP_057764127.1`
5	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057764127.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr5:4773015`	`TAC`	`T`	2bp_deletion	frameshift_variant	1	C32
`Chr5:4773015`	`TAC`	`T`	2bp_deletion	CDS_variant	1	C32
`Chr5:4773098`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B10,B52
`Chr5:4773110`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B104
`Chr5:4773215`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C74
`Chr5:4773425`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C80
`Chr5:4773429`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D11

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057764127.1

467 aa

234

467

Pkinase

PK_Tyr_Ser-Thr

ABC1

Kinase-like

NAF

PF00069 Pkinase 25-279 aa PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 27-275 aa PF03109 ABC1 94-182 aa PF14531 Kinase-like 116-267 aa PF03822 NAF 326-383 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057764127.1`	Pfam	`PF00069`	Pkinase	Domain	25	279	3e-78	263.5	Protein kinase domain
`XP_057764127.1`	Pfam	`PF07714`	PK_Tyr_Ser-Thr	Domain	27	275	9.1e-40	137.3	Protein tyrosine and serine/threonine kinase
`XP_057764127.1`	Pfam	`PF03109`	ABC1	Domain	94	182	1e-07	32.1	ABC1 atypical kinase-like domain
`XP_057764127.1`	Pfam	`PF14531`	Kinase-like	Family	116	267	2.8e-07	30.8	Kinase-like
`XP_057764127.1`	Pfam	`PF03822`	NAF	Domain	326	383	2e-23	83.0	NAF domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057908144.1
GAAATTCGTTTATATACAATACAAAAATTAATTTTATTCCTTTTTCAAAAGATTTCTGGTTGCACAACGTGAAAACGCCGTCAAAATTAATTAAATCGGGAATTAAATTGAGATTCAAACTTACCTAAAAATACATAAATTGAGATTCAAACTTTTTTGTAGACCTCAAAAAATGTGAGGGCATAAAAACACAGTTACACGGAAATGGCATATATGTAATCGCCACCTTTCGCCTATAATAAGCGGCCCCGGAAAATCTG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130985265
ATGGCAGCTGCGGCGGCCGGAGGGACGAATGCCGCCGTGAAACAGGAGATAAAGGGCCTCCTATTGGGGCGGTACGAGGTCGGGAAGCTCCTAGGGCACGGGACATTCGCGAAGGTGTACCACGCCCGGAATGTGAAGAGCAACGAGAATGTCGCGATCAAGGTGATCGACAAGGAGAAGATCCTCAAGGTGGGGCTGACGGCGCACGTCAAGCGCGAGATCTCGATCCTGCGGCGGGTCCGCCACCCCAACATTGTGCA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057764127.1
MAAAAAGGTNAAVKQEIKGLLLGRYEVGKLLGHGTFAKVYHARNVKSNENVAIKVIDKEKILKVGLTAHVKREISILRRVRHPNIVQLFEVMATKTKIYFVMEYVRGGELFSKVAKGRLKEDLARKYFQQLISAVSFCHARGVYHRDLKPENILLDEEGNLKVSDFGLSAISEQIKQDGLFHTFCGTPAYVAPEVLARKGYNGEKVDLWSCGVVLFVLMSGYLPFHDQNVMAMYKRIYKGDFRCPRWFSPELIRLVSRML...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器