Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr05G000647`

染色体: Chr05 坐标: 4896014-4900275 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr05G000647`
名称	SmilChr05G000647
描述	protein SCAR3
染色体 / SeqID	Chr05 / NC_080391.1
坐标与链方向	4896014 - 4900275 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130985360`
GeneID	`130985360`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130985360`
原始查询	`SmilChr05G000647`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	protein SCAR3
产物	protein SCAR3
Arabidopsis	`AT1G29170` (WAVE2) SCAR family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:839791] identity=43; qcov=0.245; evalue=1.85e-38; confidence=weak
Rice	`Os01g0208600` (ES1) - identity=36.4; qcov=0.29; evalue=6.05e-31; confidence=weak
GO	GO:0005856 (cytoskeleton); GO:0030036 (actin cytoskeleton organization); GO:0034237 (protein kinase A regulatory subunit binding); GO:0071933 (Arp2/3 complex binding); GO:2000601 (positive regulation of Arp2/3 complex-mediated actin nucleation)
KEGG	-
Pfam	PF27569 (SCAR_helical)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130985360

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cell membrane	细胞膜	1.00000	`XP_057764280.1`
2	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057764280.1`
3	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057764280.1`
4	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057764280.1`
5	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057764280.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr5:4896391`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B79,B88,C27
`Chr5:4896439`	`GA`	`G`	1bp_deletion	frameshift_variant	15	A18,A21,B11,B124,B20,B22,B51,B70,B72,C30,C41,C5,C50,C58,C59
`Chr5:4896443`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	4	B100,B14,B33,C43
`Chr5:4896443`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B100,B14,B33,C43
`Chr5:4896916`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B136
`Chr5:4896985`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B65
`Chr5:4897430`	`A`	`AAC`	2bp_insertion	frameshift_variant	22	A3,B121,B132,B20,B24,B26,B36,B52,B54,B69,B74,B77,B92,C34,C38,C40,C5,C58,C72,C82,D2,D4
`Chr5:4897437`	`TAC`	`T`	2bp_deletion	frameshift_variant	22	A3,B121,B132,B20,B24,B26,B36,B52,B54,B69,B77,B92,C13,C34,C38,C40,C5,C58,C72,C82,D2,D4
`Chr5:4897443`	`AT`	`A`	1bp_deletion	frameshift_variant	18	A3,B121,B132,B20,B24,B26,B52,B54,B69,B77,B92,C13,C38,C40,C5,C58,D2,D4
`Chr5:4897446`	`A`	`AG`	1bp_insertion	frameshift_variant	17	A3,B121,B132,B20,B24,B26,B52,B54,B69,B77,C13,C38,C40,C5,C58,D2,D4
`Chr5:4897450`	`CAA`	`C`	2bp_deletion	frameshift_variant	19	A3,B121,B132,B20,B24,B26,B52,B54,B69,B77,C13,C38,C40,C5,C58,C72,C82,D2,D4
`Chr5:4897455`	`T`	`TGG`	2bp_insertion	frameshift_variant	20	A3,B121,B132,B20,B24,B26,B52,B54,B69,B77,C13,C17,C38,C40,C5,C58,C72,C82,D2,D4

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057764280.1

656 aa

328

656

SCAR_helical

PF27569 SCAR_helical 3-189 aa

XP_057764281.1

644 aa

322

644

SCAR_helical

PF27569 SCAR_helical 43-177 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057764280.1`	Pfam	`PF27569`	SCAR_helical	Domain	3	189	2.7e-58	197.5	SCAR helical domain
`XP_057764281.1`	Pfam	`PF27569`	SCAR_helical	Domain	43	177	5.6e-38	131.2	SCAR helical domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA

XM_057908297.1
ACAATGACCATGACCACGCTCCGAATGAAAGGCTTGCAGTTGCAGACTTATTAGCAATGTCTTCTTCTGCCCGCCAATGTCATCTCATCTCTATCTATTATATGCATGTATGTATTATATACGTATGTGTATGGGCGTGCCCACACACACACGCCAGATATTCGCTCTCTCAAGTTGAGCTGCTGCAATCCCCACCTAATATCCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTGATCAGTCTATACGTCCTTCCATTTATCAACCACA...

XM_057908298.1
AAAGGCTTGCAGTTGCAGACTTATTAGCAATGTCTTCTTCTGCCCGCCAATGTCATCTCATCTCTATCTATTATATGCATGTATGTATTATATACGTATGTGTATGGGCGTGCCCACACACACACGCCAGATATTCGCTCTCTCAAGTTGAGCTGCTGCAATCCCCACCTAATATCCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTGATCAGTCTATACGTCCTTCCATTTATCAACCACAATTCCTCGCGCACTCCTTCATTTGTTC...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA

LOC130985360
ATGCCGTTGGTGCGAGTGGAGGTGAGGAATGAGTACGGATTGGGAGCTCCAGAGATGTACATTGATGCGAGCAACGAAGAGCCTAAGGAGATTCTCCAAGGAGTCGCCGTCGCTGGTCTCGTCGGGCTCCTACGCCAGCTCGGTGATCTCGCTGATTTTGCAGCGGAAGTTTTCCATGGCTTGAACGAAGAATTGATGGAAACATGTTCTAGAAGCCGAAAGTTGATGGATCGTGTTCTACAGGTTGAAGCAGAAGTTGT...

LOC130985360
ATGAGTACGGATTGGGAGCTCCAGAGATGTACATTGATGCGAGCAACGAAGAGCCTAAGGAGATTCTCCAAGGAGTCGCCGTCGCTGGTCTCGTCGGGCTCCTACGCCAGCTCGGTGATCTCGCTGACGGAAGTTTTCCATGGCTTGAACGAAGAATTGATGGAAACATGTTCTAGAAGCCGAAAGTTGATGGATCGTGTTCTACAGGTTGAAGCAGAAGTTGTTCCAGTTGAGAAAGCTGTACTGGCACAACCAAGCCA...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA

XP_057764280.1
MPLVRVEVRNEYGLGAPEMYIDASNEEPKEILQGVAVAGLVGLLRQLGDLADFAAEVFHGLNEELMETCSRSRKLMDRVLQVEAEVVPVEKAVLAQPSHLHLAYTAGVNWHVPARCQQNLFVYNDMPLFILDFYEVCRSPPQFHLLDRFDPGGPGSCLKRYSDPAIYNMTSKSSGDASTEKVAKYKKLEKTKKRRSCPMNGEVSRGASFAYLDSRMQSSSNVGRNTSFCQPTDYSALRSDLYEQSNSGKRNELCYSKDDM...

XP_057764281.1
MSTDWELQRCTLMRATKSLRRFSKESPSLVSSGSYASSVISLTEVFHGLNEELMETCSRSRKLMDRVLQVEAEVVPVEKAVLAQPSHLHLAYTAGVNWHVPARCQQNLFVYNDMPLFILDFYEVCRSPPQFHLLDRFDPGGPGSCLKRYSDPAIYNMTSKSSGDASTEKVAKYKKLEKTKKRRSCPMNGEVSRGASFAYLDSRMQSSSNVGRNTSFCQPTDYSALRSDLYEQSNSGKRNELCYSKDDMCSSYSMQSQEEK...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器