当前解析结果
SmilChr05G000649| 统一新 Gene ID | SmilChr05G000649 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr05G000649 |
| 描述 | heavy metal-associated isoprenylated plant protein 28-like |
| 染色体 / SeqID | Chr05 / NC_080391.1 |
| 坐标与链方向 | 4911563 - 4914368 / - |
| NCBI Gene ID | LOC130985363 |
|---|---|
| GeneID | 130985363 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130985363 |
| 原始查询 | SmilChr05G000649 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | heavy metal-associated isoprenylated plant protein 28-like |
| 产物 | heavy metal-associated isoprenylated plant protein 28-like |
| Arabidopsis | AT1G06330 (AT1G06330)Heavy metal transport/detoxification superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:837144] identity=51.7; qcov=1.03; evalue=1.04e-47; confidence=medium |
| Rice | Os01g0758000- identity=42.6; qcov=1.1; evalue=1.06e-37; confidence=medium |
| GO | GO:0046872 (metal ion binding) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00403 (HMA) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130985363 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Nucleus | 细胞核 | 0.80000 | XP_057764283.1 |
| 2 | Cytoplasm | 细胞质 | 0.80000 | XP_057764283.1 |
| 3 | Cytosol | 细胞质基质 | 0.60000 | XP_057764283.1 |
| 4 | Cell membrane | 细胞膜 | 0.20000 | XP_057764283.1 |
| 5 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057764283.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr5:4911797 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B119,B130,C29 |
Chr5:4911801 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B38,B39,B97,C20,C8 |
Chr5:4911802 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | C20,C8 |
Chr5:4911812 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C8 |
Chr5:4911826 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | A18,C44 |
Chr5:4912007 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | C41,D11 |
Chr5:4912013 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | A18,B135,B91 |
Chr5:4912261 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B79,C27 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057764283.1PF00403
HMA 7-62 aa
XP_057764285.1PF00403
HMA 7-62 aa
XP_057764286.1PF00403
HMA 2-57 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057764283.1 |
Pfam | PF00403 |
HMA | Domain | 7 | 62 | 1.2e-17 | 64.8 | Heavy-metal-associated domain |
XP_057764285.1 |
Pfam | PF00403 |
HMA | Domain | 7 | 62 | 1.2e-17 | 64.8 | Heavy-metal-associated domain |
XP_057764286.1 |
Pfam | PF00403 |
HMA | Domain | 2 | 57 | 1.4e-17 | 64.5 | Heavy-metal-associated domain |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
3 records
下载 cDNA FASTA3 records
下载 CDS FASTA3 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。