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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr05G000654

染色体: Chr05 坐标: 4932376-4935286 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr05G000654
名称SmilChr05G000654
描述U-box domain-containing protein 4-like
染色体 / SeqIDChr05 / NC_080391.1
坐标与链方向4932376 - 4935286 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130985366
GeneID130985366
locus_tag-
NCBI NameLOC130985366
原始查询SmilChr05G000654

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述U-box domain-containing protein 4-like
产物U-box domain-containing protein 4-like
ArabidopsisAT2G27430 (AT2G27430)
ARM repeat superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:817288]
identity=57.9; qcov=0.858; evalue=1.13e-135; confidence=high
RiceOs05g0573800
-
identity=44.4; qcov=0.825; evalue=2.2e-74; confidence=medium
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130985366

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 0.60000 XP_057764290.1
2 Cell membrane 细胞膜 0.40000 XP_057764290.1
3 Cytosol 细胞质基质 0.20000 XP_057764290.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057764290.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057764290.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr5:4932604 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B100,B33
Chr5:4932609 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B22,B44
Chr5:4932622 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D4
Chr5:4932750 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B128,B43,C58
Chr5:4932939 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A5,B49,B98
Chr5:4934396 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A4
Chr5:4934487 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A4,D4
Chr5:4934490 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C28
Chr5:4934493 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B126,B24,B93,C42
Chr5:4934499 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B41
Chr5:4934525 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A4,D4
Chr5:4934553 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A8

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057908307.1
GCTTAAGCTGCATGTGCTATCTGCTTCTTTTGTATTTTCTCGCAAAGTCTCCTTCTGAATCTGTCTGATTCTCTCACTTTCTCTCTCAACACAAAGTCAGACATAAATAATTATTTTAATAGTAAAATAATTGGTTAGGCAAATACAATTTCGACTCAAAGTTTGTTGAAATATGTCAGTTCCACAAGCACCAGAGCCCTCTGATTCTTTAACTAACTGTTTCTTCACCATAAGATTTTTATCTCGCATTCGACGGCGGC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130985366
ATGTCAGTTCCACAAGCACCAGAGCCCTCTGATTCTTTAACTAACTGTTTCTTCACCATAAGATTTTTATCTCGCATTCGACGGCGGCTCCGATTGAAATCGCCCAACAAAGATTGCAAACCGGCGGAGGTGGCGGCGGAGCCTATAGGTACGGATATGATTACGTGTGAAGAAGCCAAAGGTGATCATCATGATCGCGACGGCGATCGTAATTGGATGGCGGCGCTGAAAAAATCCGTGAAGATGCTTCATTTTGGGAG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057764290.1
MSVPQAPEPSDSLTNCFFTIRFLSRIRRRLRLKSPNKDCKPAEVAAEPIGTDMITCEEAKGDHHDRDGDRNWMAALKKSVKMLHFGSWEEKEAAAREMKKLAEEDVKRRRTMAELGVIPPLVAMVGSEVAARQRLAVQALIELANGSFTNKALMVEAGILSRLPNNMSSLEETDKRELAELLLSISGLANSQFPLNSSRIIPTTVCILESSSSIETEELCLSTLYNLSSVLDNAPILISTGVVTSLTKLSSVKETAEKSL...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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