当前解析结果
SmilChr05G000668| 统一新 Gene ID | SmilChr05G000668 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr05G000668 |
| 描述 | GDSL esterase/lipase At5g45910-like |
| 染色体 / SeqID | Chr05 / NC_080391.1 |
| 坐标与链方向 | 5100450 - 5103344 / - |
| NCBI Gene ID | LOC130985382 |
|---|---|
| GeneID | 130985382 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130985382 |
| 原始查询 | SmilChr05G000668 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | GDSL esterase/lipase At5g45910-like |
| 产物 | GDSL esterase/lipase At5g45910-like |
| Arabidopsis | AT5G45910 (AT5G45910)GDSL-like Lipase/Acylhydrolase superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:834631] identity=54.5; qcov=1; evalue=9.42e-136; confidence=high |
| Rice | Os01g0215700 (OsGELP6)- identity=58.9; qcov=0.918; evalue=2.06e-144; confidence=high |
| GO | GO:0016788 (hydrolase activity, acting on ester bonds) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00657 (Lipase_GDSL) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130985382 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Secreted | 分泌到胞外 | 1.00000 | XP_057764325.1 |
| 2 | Cell wall | 细胞壁 | 0.40000 | XP_057764325.1 |
| 3 | Vacuole | 液泡 | 0.20000 | XP_057764324.1 |
| 4 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057764324.1 |
| 5 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057764324.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr5:5100654 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | A3 |
Chr5:5100708 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | A3 |
Chr5:5100844 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B123,B2,D7 |
Chr5:5100846 |
TA |
T |
1bp_deletion | frameshift_variant | 18 | A10,A2,B113,B128,B131,B14,B15,B18,B63,B76,B95,C20,C21,C3,C40,C45,C71,D5 |
Chr5:5101092 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B131,B95,C81 |
Chr5:5101122 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B88 |
Chr5:5101388 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B88,C8 |
Chr5:5101416 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C16 |
Chr5:5102741 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B10,B2,B3 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057764324.1PF00657
Lipase_GDSL 26-371 aa
XP_057764325.1PF00657
Lipase_GDSL 26-347 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057764324.1 |
Pfam | PF00657 |
Lipase_GDSL | Family | 26 | 371 | 4.9e-29 | 102.7 | GDSL-like Lipase/Acylhydrolase |
XP_057764325.1 |
Pfam | PF00657 |
Lipase_GDSL | Family | 26 | 347 | 2e-31 | 110.5 | GDSL-like Lipase/Acylhydrolase |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
2 records
下载 cDNA FASTA2 records
下载 CDS FASTA2 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。