当前解析结果
SmilChr05G000672| 统一新 Gene ID | SmilChr05G000672 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr05G000672 |
| 描述 | GDSL esterase/lipase At1g28590-like |
| 染色体 / SeqID | Chr05 / NC_080391.1 |
| 坐标与链方向 | 5124881 - 5131726 / - |
| NCBI Gene ID | LOC130985385 |
|---|---|
| GeneID | 130985385 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130985385 |
| 原始查询 | SmilChr05G000672 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | GDSL esterase/lipase At1g28590-like |
| 产物 | GDSL esterase/lipase At1g28590-like |
| Arabidopsis | AT1G28590 (AT1G28590)GDSL-like Lipase/Acylhydrolase superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:839759] identity=49.3; qcov=0.939; evalue=2.47e-115; confidence=high |
| Rice | Os01g0649900 (OsGELP20)- identity=45.5; qcov=0.91; evalue=8.41e-106; confidence=high |
| GO | GO:0006629 (lipid metabolic process); GO:0016298 (lipase activity) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00657 (Lipase_GDSL) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130985385 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Secreted | 分泌到胞外 | 0.60000 | XP_057764329.1 |
| 2 | Vacuole | 液泡 | 0.40000 | XP_057764329.1 |
| 3 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057764329.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057764329.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057764329.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr5:5125056 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B118,C45 |
Chr5:5125059 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B65,C78,D11 |
Chr5:5125061 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B24 |
Chr5:5125084 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B65,C78 |
Chr5:5125148 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B26 |
Chr5:5125247 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B60,C9 |
Chr5:5125265 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | A8,B139,B89,C15,C76 |
Chr5:5125392 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B106 |
Chr5:5125394 |
AT |
A |
1bp_deletion | frameshift_variant | 1 | B135 |
Chr5:5125394 |
AT |
A |
1bp_deletion | CDS_variant | 1 | B135 |
Chr5:5125426 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D6 |
Chr5:5125458 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B13,B40 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057764329.1PF00657
Lipase_GDSL 43-365 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057764329.1 |
Pfam | PF00657 |
Lipase_GDSL | Family | 43 | 365 | 2.5e-26 | 93.8 | GDSL-like Lipase/Acylhydrolase |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。