Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr05G000679`

染色体: Chr05 坐标: 5182417-5183946 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr05G000679`
名称	SmilChr05G000679
描述	GDSL esterase/lipase At5g45960-like
染色体 / SeqID	Chr05 / NC_080391.1
坐标与链方向	5182417 - 5183946 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130985391`
GeneID	`130985391`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130985391`
原始查询	`SmilChr05G000679`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	GDSL esterase/lipase At5g45960-like
产物	GDSL esterase/lipase At5g45960-like
Arabidopsis	`AT5G45960` (AT5G45960) GDSL-like Lipase/Acylhydrolase superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:834636] identity=56.5; qcov=0.828; evalue=1.03e-135; confidence=high
Rice	`Os09g0132200` (OsGELP97) - identity=43.3; qcov=0.797; evalue=3.64e-92; confidence=medium
GO	GO:0016788 (hydrolase activity, acting on ester bonds)
KEGG	-
Pfam	PF00657 (Lipase_GDSL)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130985391

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Secreted	分泌到胞外	1.00000	`XP_057764332.1`
2	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057764332.1`
3	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057764332.1`
4	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057764332.1`
5	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057764332.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr5:5182459`	`TA`	`T`	1bp_deletion	frameshift_variant	110	A13,A14,A16,A19,A21,A22,A23,A25,A5,A6,A7,A8,B103,B106,B107,B109,B11,B111,B117,B118,B120,B122,B123,B125,B126,B127,B130,B135,B136,B138,B139,B17,B18,B19,B21,B22,B24,B26,B27,B31,B32,B34,B35,B4,B48,B50,B51,B52,B54,B56,B58,B64,B65,B66,B67,B69,B7,B71,B72,B75,B76,B79,B82,B83,B86,B88,B93,B96,B97,B99,C10,C13,C15,C18,C19,C2,C20,C21,C24,C25,C27,C28,C29,C30,C31,C32,C35,C36,C39,C4,C40,C41,C42,C45,C49,C51,C53,C55,C57,C58,C6,C62,C68,C70,C74,C78,C87,D1,D3,D7
`Chr5:5182492`	`CTA`	`C`	2bp_deletion	frameshift_variant	121	A13,A14,A15,A16,A18,A19,A21,A22,A23,A25,A3,A5,A6,A7,A8,B103,B104,B106,B107,B109,B11,B111,B117,B120,B122,B123,B125,B126,B127,B130,B135,B136,B138,B139,B17,B18,B19,B21,B22,B24,B26,B27,B31,B32,B34,B35,B4,B48,B50,B51,B52,B54,B56,B58,B64,B65,B66,B67,B69,B7,B71,B72,B73,B75,B76,B78,B79,B82,B83,B86,B88,B89,B93,B96,B97,B99,C10,C13,C15,C18,C19,C2,C20,C21,C24,C25,C27,C28,C29,C30,C31,C32,C35,C36,C39,C4,C40,C41,C42,C45,C49,C51,C53,C55,C57,C58,C59,C6,C62,C68,C70,C74,C76,C78,C80,C87,D1,D10,D11,D3,D7
`Chr5:5182506`	`A`	`AT`	1bp_insertion	frameshift_variant	14	B135,B140,B41,B51,B79,B94,C23,C27,C3,C50,C59,C65,C71,D6
`Chr5:5182530`	`CA`	`C`	1bp_deletion	frameshift_variant	59	A18,A21,A22,A7,B106,B109,B11,B111,B117,B122,B123,B127,B130,B135,B138,B17,B18,B19,B22,B24,B27,B31,B34,B4,B50,B64,B66,B71,B73,B75,B82,B86,B93,B97,C10,C15,C19,C20,C21,C24,C27,C28,C29,C30,C31,C32,C35,C36,C39,C4,C41,C42,C49,C51,C6,C62,C68,C70,D3
`Chr5:5182641`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D10
`Chr5:5182686`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B103,C12
`Chr5:5182731`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C35
`Chr5:5182782`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C35
`Chr5:5182804`	`A`	`ATT`	2bp_insertion	frameshift_variant	37	A24,B108,B111,B117,B124,B129,B137,B15,B30,B31,B36,B40,B44,B45,B48,B53,B6,B60,B80,B81,B86,C1,C14,C19,C39,C42,C46,C51,C54,C57,C60,C63,C75,C78,C80,C85,D8
`Chr5:5183034`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B11
`Chr5:5183064`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C35
`Chr5:5183259`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B104

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057764332.1

400 aa

200

400

Lipase_GDSL

PF00657 Lipase_GDSL 78-388 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057764332.1`	Pfam	`PF00657`	Lipase_GDSL	Family	78	388	4.7e-30	106.0	GDSL-like Lipase/Acylhydrolase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057908349.1
GACTCCAACAAGTTAATTTCTTTACTTTTTTGCTAGTTGATGTACGTGCAACTCATCAAACTCAGCACAGATCGACTATATAAATTTAAATTAATTATTGTCGTGTTCGGCTTCAAGCAAATGACAACAAAAATGGCCTTTACGTTGAAGCCCATTTTGACCAATGTTTGGATTTTCTTTCTTCCTTGTGCTTTCTTTGCATGCCAAGTGATTTCAGCTCGAAACATTGGCGGCATGAAGATGACGGAGACGCCGCCGTC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130985391
ATGTACGTGCAACTCATCAAACTCAGCACAGATCGACTATATAAATTTAAATTAATTATTGTCGTGTTCGGCTTCAAGCAAATGACAACAAAAATGGCCTTTACGTTGAAGCCCATTTTGACCAATGTTTGGATTTTCTTTCTTCCTTGTGCTTTCTTTGCATGCCAAGTGATTTCAGCTCGAAACATTGGCGGCATGAAGATGACGGAGACGCCGCCGTCAGTTTCGTCCATTCTCATCTTCGGCGACTCGACGGCGGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057764332.1
MYVQLIKLSTDRLYKFKLIIVVFGFKQMTTKMAFTLKPILTNVWIFFLPCAFFACQVISARNIGGMKMTETPPSVSSILIFGDSTADPGNNNYIKTPFKSNFSPYGRDFVNHTATGRFTNGRLANDYIANYVGVKEMVPAYLDPTLSIEELMSGVSFASAGSGFDPLTPSISNVMTLSDQLKNLKEYRGKMEAAVGKEKAKEVISNALFLVSAGTNDFVVNYFTIPIRRRSFTIPSYTNFVTNGARQFLQELLDQGARRI...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器