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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr05G000687

染色体: Chr05 坐标: 5203142-5209542 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr05G000687
名称SmilChr05G000687
描述apoptosis inhibitor 5-like protein API5
染色体 / SeqIDChr05 / NC_080391.1
坐标与链方向5203142 - 5209542 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130985397
GeneID130985397
locus_tag-
NCBI NameLOC130985397
原始查询SmilChr05G000687

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述apoptosis inhibitor 5-like protein API5
产物apoptosis inhibitor 5-like protein API5
ArabidopsisAT2G34040 (AT2G34040)
Apoptosis inhibitory protein 5 (API5) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:817965]
identity=67.9; qcov=0.942; evalue=0; confidence=high
RiceOs02g0313400 (API5)
-
identity=60.1; qcov=0.946; evalue=0; confidence=high
GOGO:0003729 (mRNA binding); GO:0005634 (nucleus); GO:0043067 (regulation of programmed cell death)
KEGG-
PfamPF05918 (API5)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130985397

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057764338.1
2 Nucleoplasm 核质 1.00000 XP_057764338.1
3 Cytosol 细胞质基质 0.40000 XP_057764338.1
4 Nucleolus 核仁 0.20000 XP_057764338.1
5 Nucleolar fibrillar center Nucleolar fibrillar center 0.20000 XP_057764338.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr5:5205773 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B103,B73,C12,C74
Chr5:5205960 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C35
Chr5:5206007 T TA 1bp_insertion frameshift_variant 7 B122,B126,B24,B93,C24,C42,C49
Chr5:5207235 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C57
Chr5:5207323 GC G 1bp_deletion frameshift_variant 1 B78
Chr5:5207323 GC G 1bp_deletion CDS_variant 1 B78
Chr5:5207953 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B33
Chr5:5208602 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B27
Chr5:5208611 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C4
Chr5:5208736 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B73
Chr5:5208783 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B38,B39,B97
Chr5:5208787 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057764338.1
556 aa
N
1
278
556
API5
C
PF05918 API5 11-551 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057764338.1 Pfam PF05918 API5 Repeat 11 551 9.7e-232 771.3 Apoptosis inhibitory protein 5 (API5)

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057908355.1
TTTTAGTTTCTACTCGAGGGTTCAAATTTGAAAGTTGCGAAGGTAGCAAAAGCAAAAGTTTCACACGGATCGGGCGTATGATTCCGACCCGACAGAAATCGGGTTTTCATAATTTCCCATCTCCAAATCCAGAATCCCATTAACAAATCCCTAAGCTAATTCTCTGCGAGTCAACTCAGTCTCCTTTCCTTTCCGAACTTGAACTGTTGGAACGTATATATGGTCCTGGTACCTATACGTACAGGCAAACTGTATCTACA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130985397
ATGGCAGAAGCTTCCGACGAGGCGAAGGACATTGAGAAGCTCTACGAGTATGGCGAACGCCTCAACGAAGTCAAAGACAAGTCTAAGCATACTGAAGATTACGAGAATATAATAAAAGCGGCGAAGAGCAGCAGTGTAAAATCCAGGCAATTAGCTGCGCAGCTGATCCCTCGGTTCTTCAAGCACTTTCCCGGACTATCGGTTAATGCAGTCCACGCTCATCTTGATTTGTGTGAAGCTGAAGAGATTGGGATTCGGGT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057764338.1
MAEASDEAKDIEKLYEYGERLNEVKDKSKHTEDYENIIKAAKSSSVKSRQLAAQLIPRFFKHFPGLSVNAVHAHLDLCEAEEIGIRVQAIRGLPLFCKDTPEHVSKIVDILAQLLTAEENVERDAVNKALLSLLRQDVRASLTALFKHIESVDEQLTDENLRARTLLFIRDKVFPLKAELLKPSEQMERHITDLIKKSLQDVTGAEFNMFMDFLKSLSMFGEKARPERIQELIEIIESQADLDAQFDDSDGDHIDRLISC...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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