当前解析结果
SmilChr05G000693| 统一新 Gene ID | SmilChr05G000693 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr05G000693 |
| 描述 | nudix hydrolase 15, mitochondrial-like |
| 染色体 / SeqID | Chr05 / NC_080391.1 |
| 坐标与链方向 | 5239438 - 5240939 / - |
| NCBI Gene ID | LOC130985404 |
|---|---|
| GeneID | 130985404 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130985404 |
| 原始查询 | SmilChr05G000693 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | nudix hydrolase 15, mitochondrial-like |
| 产物 | nudix hydrolase 15%2C mitochondrial-like |
| Arabidopsis | AT1G28960 (NUDX15)nudix hydrolase homolog 15 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:839773] identity=53.8; qcov=0.996; evalue=1.41e-83; confidence=high |
| Rice | Os08g0375900 (OJ1705_C03.104-1)- identity=61.9; qcov=0.73; evalue=4.13e-74; confidence=high |
| GO | GO:0003986 (acetyl-CoA hydrolase activity); GO:0010945 (coenzyme A diphosphatase activity); GO:0015938 (coenzyme A catabolic process) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00293 (NUDIX) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130985404 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cytoplasm | 细胞质 | 1.00000 | XP_057764346.1 |
| 2 | Cytosol | 细胞质基质 | 0.80000 | XP_057764346.1 |
| 3 | Nucleus | 细胞核 | 0.40000 | XP_057764346.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057764346.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057764346.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr5:5239674 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B104 |
Chr5:5239963 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | A2,B65,C47,D6 |
Chr5:5240047 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C65 |
Chr5:5240578 |
AG |
A |
1bp_deletion | frameshift_variant | 3 | B79,C27,C3 |
Chr5:5240578 |
AG |
A |
1bp_deletion | CDS_variant | 3 | B79,C27,C3 |
Chr5:5240590 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B101 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057764346.1PF00293
NUDIX 56-185 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057764346.1 |
Pfam | PF00293 |
NUDIX | Domain | 56 | 185 | 2.4e-14 | 54.2 | NUDIX domain |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。