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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr05G000695

染色体: Chr05 坐标: 5248835-5249907 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr05G000695
名称SmilChr05G000695
描述uncharacterized SmilChr05G000695
染色体 / SeqIDChr05 / NC_080391.1
坐标与链方向5248835 - 5249907 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130985406
GeneID130985406
locus_tag-
NCBI NameLOC130985406
原始查询SmilChr05G000695

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述TCP family transcription factor 4 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:820732]; symbol=TCP4; hit=AT3G15030; species=arabidopsis; confidence=low
产物TCP family transcription factor 4 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:820732]; symbol=TCP4; hit=AT3G15030; species=arabidopsis; confidence=low
ArabidopsisAT3G15030 (TCP4)
TCP family transcription factor 4 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:820732]
identity=58.7; qcov=0.449; evalue=4.57e-28; confidence=low
RiceOs01g0213800 (OsPCF5)
-
identity=70.4; qcov=0.346; evalue=1.37e-26; confidence=low
GOGO:0003700 (DNA-binding transcription factor activity); GO:0005634 (nucleus); GO:0043565 (sequence-specific DNA binding); GO:2000032 (regulation of secondary shoot formation)
KEGG-
PfamPF03634 (TCP)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130985406

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057764350.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.40000 XP_057764350.1
3 Cytoplasmic granule 细胞质颗粒 0.20000 XP_057764350.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057764350.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057764350.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr5:5249169 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B12
Chr5:5249211 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C38
Chr5:5249383 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B118,C45
Chr5:5249384 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B125,C73
Chr5:5249423 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A11,A20
Chr5:5249476 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C20
Chr5:5249700 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B104,C65
Chr5:5249713 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A8,B11,B89,C76

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057764350.1
205 aa
N
1
102
205
TCP
C
PF03634 TCP 34-96 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057764350.1 Pfam PF03634 TCP Family 34 96 1.4e-28 101.1 TCP family transcription factor

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057908367.1
TACGGCTACTGATGCGCTGTCGCAATTCCAACGCACCTACACACTGTAGCTTCTCCTCAGCCGTCTCCCAACACTTGCAAACAGTAGTGAGAAATGATCACAGTATTTACATGTACATGTACTATACTATATCCACCATTCCTCTCTCTATATATCCATTCAGATGAAATTAATGGAAGCTGCCACTGCCACTCTCTCTCTCTCTCTCTCTTTATGTCTTATTTTTGCATAAGTATAGGCTCCGCCTTTAGCTTGCACAA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130985406
ATGGATAAAATGGGAGACGTAACGGCGTCAGGTAACGGAAAAGTAGTCCAGCAGGCCAAGAGAGGCACCAGCGCTAGCGTTAACGTCGTGCGAGCTGCCGCCAGAAAGGATAGGCACAGTAAAGTGTGCACGGCGGGGGGCACGAGGGACCGCCGCGTGCGGCTGTCGCCCAAGACCGCCATCCTCTTCTACGATTTGCAGGATAGGCTCGGCTGCGACCGCCCCAGCAAGGCCATTGATTGGCTCATGGCGGAGGCCAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057764350.1
MDKMGDVTASGNGKVVQQAKRGTSASVNVVRAAARKDRHSKVCTAGGTRDRRVRLSPKTAILFYDLQDRLGCDRPSKAIDWLMAEAKAAIDALADTPAAADPPPPPPPLEGREDLSAPAPVELFDANSEMVRLQRIFSWNYGEDYSSAPLHYPAEREPLQSTRINANYYPQFQGFGFSDQELPNFCKDIEMPVFSKSSSFLDFEE

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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