当前解析结果
SmilChr05G000701| 统一新 Gene ID | SmilChr05G000701 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr05G000701 |
| 描述 | GDSL esterase/lipase At5g45920-like |
| 染色体 / SeqID | Chr05 / NC_080391.1 |
| 坐标与链方向 | 5284885 - 5288149 / - |
| NCBI Gene ID | LOC130985411 |
|---|---|
| GeneID | 130985411 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130985411 |
| 原始查询 | SmilChr05G000701 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | GDSL esterase/lipase At5g45920-like |
| 产物 | GDSL esterase/lipase At5g45920-like |
| Arabidopsis | AT5G45920 (AT5G45920)SGNH hydrolase-type esterase superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:834632] identity=64.1; qcov=1.01; evalue=3.94e-110; confidence=high |
| Rice | Os01g0214200 (OsGELP1)- identity=60.2; qcov=1; evalue=6.5e-96; confidence=high |
| GO | GO:0016788 (hydrolase activity, acting on ester bonds) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00657 (Lipase_GDSL); PF13472 (Lipase_GDSL_2) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130985411 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cytoplasm | 细胞质 | 1.00000 | XP_057764358.1 |
| 2 | Cytosol | 细胞质基质 | 1.00000 | XP_057764358.1 |
| 3 | Nucleus | 细胞核 | 0.20000 | XP_057764358.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057764358.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057764358.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr5:5285136 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B107,B51,B87,B88 |
Chr5:5285180 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C20 |
Chr5:5285384 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | A22,B6,C63 |
Chr5:5285416 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B50,B52,B98,C28 |
Chr5:5285440 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B99,C87 |
Chr5:5285501 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B130,B137,B62,C66,D6 |
Chr5:5285508 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | A2,B28,C29,C72,D2 |
Chr5:5285521 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B33 |
Chr5:5285535 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B56,B96 |
Chr5:5285681 |
A |
AC |
1bp_insertion | frameshift_variant | 31 | A2,A20,A22,A9,B112,B12,B135,B28,B36,B50,B57,B58,B63,B68,B70,B75,B78,B80,B83,B98,C28,C40,C55,C66,C71,C74,C76,C77,D10,D2,D8 |
Chr5:5287412 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B125,B44,C73 |
Chr5:5287484 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B88,C60,D2 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057764358.1PF00657
Lipase_GDSL 5-200 aa
PF13472
Lipase_GDSL_2 7-194 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057764358.1 |
Pfam | PF00657 |
Lipase_GDSL | Family | 5 | 200 | 2.5e-30 | 106.9 | GDSL-like Lipase/Acylhydrolase |
XP_057764358.1 |
Pfam | PF13472 |
Lipase_GDSL_2 | Domain | 7 | 194 | 1.3e-28 | 101.4 | GDSL-like Lipase/Acylhydrolase family |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。