Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr05G000701

染色体: Chr05 坐标: 5284885-5288149 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr05G000701
名称SmilChr05G000701
描述GDSL esterase/lipase At5g45920-like
染色体 / SeqIDChr05 / NC_080391.1
坐标与链方向5284885 - 5288149 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130985411
GeneID130985411
locus_tag-
NCBI NameLOC130985411
原始查询SmilChr05G000701

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述GDSL esterase/lipase At5g45920-like
产物GDSL esterase/lipase At5g45920-like
ArabidopsisAT5G45920 (AT5G45920)
SGNH hydrolase-type esterase superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:834632]
identity=64.1; qcov=1.01; evalue=3.94e-110; confidence=high
RiceOs01g0214200 (OsGELP1)
-
identity=60.2; qcov=1; evalue=6.5e-96; confidence=high
GOGO:0016788 (hydrolase activity, acting on ester bonds)
KEGG-
PfamPF00657 (Lipase_GDSL); PF13472 (Lipase_GDSL_2)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130985411

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057764358.1
2 Cytosol 细胞质基质 1.00000 XP_057764358.1
3 Nucleus 细胞核 0.20000 XP_057764358.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057764358.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057764358.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr5:5285136 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B107,B51,B87,B88
Chr5:5285180 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C20
Chr5:5285384 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A22,B6,C63
Chr5:5285416 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B50,B52,B98,C28
Chr5:5285440 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B99,C87
Chr5:5285501 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B130,B137,B62,C66,D6
Chr5:5285508 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A2,B28,C29,C72,D2
Chr5:5285521 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B33
Chr5:5285535 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B56,B96
Chr5:5285681 A AC 1bp_insertion frameshift_variant 31 A2,A20,A22,A9,B112,B12,B135,B28,B36,B50,B57,B58,B63,B68,B70,B75,B78,B80,B83,B98,C28,C40,C55,C66,C71,C74,C76,C77,D10,D2,D8
Chr5:5287412 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B125,B44,C73
Chr5:5287484 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B88,C60,D2

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057764358.1
235 aa
N
1
118
235
Lipase_GDSL
Lipase_GDSL_2
C
PF00657 Lipase_GDSL 5-200 aa PF13472 Lipase_GDSL_2 7-194 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057764358.1 Pfam PF00657 Lipase_GDSL Family 5 200 2.5e-30 106.9 GDSL-like Lipase/Acylhydrolase
XP_057764358.1 Pfam PF13472 Lipase_GDSL_2 Domain 7 194 1.3e-28 101.4 GDSL-like Lipase/Acylhydrolase family

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057908375.1
GGAGGAAGCACATTTGTCAACCATTTTATTAAAATTAGTATGTATTTCACATAACACACATGACACATCCAATGTTGCATTCACCCTGTCTAAATAAACCTACCACATCAAACAGATCTCTAAAATCGAACCTCTCCATTTTATAAAATAAAAAAAGTCCAAATTTGCCGTCTTTGGCCCATCAACGATTAATTAACTCTTACACCTTTGTCTTCACAAAATCCAGCCTTTTTGCATCACCACCACCTGTTCAGCTGTTC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130985411
ATGAGGCCCAAACTTTATCTGTTCGGCGACTCAATCACTGAGATGTCGTTCGGCGACGGCGGATGGGGTGCTTCTCTCGCAAATCACTTCGCGCGCCAGGCGGATGTGGTGTTGAGAGGGTATAGCGGTTACAACACCAGATGGGCTCTCAAGGTCATCCAGAAAGTCTTTCCGGCGACCGGCGAAGCTCCGCTCGCGGTCACGGTGTTCTTCGGCGCCAATGACGCAGCGCTACCGGACAGATACGGCGGTTTTCAGCA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057764358.1
MRPKLYLFGDSITEMSFGDGGWGASLANHFARQADVVLRGYSGYNTRWALKVIQKVFPATGEAPLAVTVFFGANDAALPDRYGGFQHVPLDEYKQNLLAIVAFFKKQWPSTRIILITPPPIDEDARLLNPYANNPSGLPERTNEVAGRYAKHCLDVAAECGLPAIPLYDKMQQRPDWKKALLSDGLHLTQKGNKFVFEEVINLLAEEQVSLETLPADFPLFSEIDPNDPLKLFAN

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器