当前解析结果
SmilChr05G000705| 统一新 Gene ID | SmilChr05G000705 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr05G000705 |
| 描述 | GDSL esterase/lipase At1g28590-like |
| 染色体 / SeqID | Chr05 / NC_080391.1 |
| 坐标与链方向 | 5302602 - 5307623 / + |
| NCBI Gene ID | LOC130985417 |
|---|---|
| GeneID | 130985417 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130985417 |
| 原始查询 | SmilChr05G000705 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | GDSL esterase/lipase At1g28590-like |
| 产物 | GDSL esterase/lipase At1g28590-like |
| Arabidopsis | AT1G28590 (AT1G28590)GDSL-like Lipase/Acylhydrolase superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:839759] identity=51.1; qcov=1.01; evalue=1.86e-124; confidence=high |
| Rice | Os01g0215700 (OsGELP6)- identity=50.6; qcov=0.945; evalue=6.11e-110; confidence=high |
| GO | GO:0016788 (hydrolase activity, acting on ester bonds) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00657 (Lipase_GDSL) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130985417 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Secreted | 分泌到胞外 | 1.00000 | XP_057764368.1 |
| 2 | Cell wall | 细胞壁 | 0.20000 | XP_057764368.1 |
| 3 | Vacuole | 液泡 | 0.20000 | XP_057764368.1 |
| 4 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057764368.1 |
| 5 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057764368.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr5:5302791 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B69,C2 |
Chr5:5302886 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B24,C42 |
Chr5:5302907 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D7 |
Chr5:5302957 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B127 |
Chr5:5306593 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B104 |
Chr5:5306655 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B113,C30,C47 |
Chr5:5306656 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B113,B95,C30,C47 |
Chr5:5306664 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B113,C30,C47 |
Chr5:5306688 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B99,C87 |
Chr5:5306917 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D7 |
Chr5:5306927 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D10 |
Chr5:5306959 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | A23,B27,B7,B84,C24 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057764368.1PF00657
Lipase_GDSL 26-340 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057764368.1 |
Pfam | PF00657 |
Lipase_GDSL | Family | 26 | 340 | 4.3e-27 | 96.3 | GDSL-like Lipase/Acylhydrolase |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。