当前解析结果
SmilChr05G000707| 统一新 Gene ID | SmilChr05G000707 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr05G000707 |
| 描述 | GDSL esterase/lipase At1g28580-like |
| 染色体 / SeqID | Chr05 / NC_080391.1 |
| 坐标与链方向 | 5328247 - 5332836 / + |
| NCBI Gene ID | LOC130985414 |
|---|---|
| GeneID | 130985414 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130985414 |
| 原始查询 | SmilChr05G000707 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | GDSL esterase/lipase At1g28580-like |
| 产物 | GDSL esterase/lipase At1g28580-like |
| Arabidopsis | AT1G28570 (AT1G28570)SGNH hydrolase-type esterase superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:839757] identity=51.5; qcov=0.95; evalue=3.35e-123; confidence=high |
| Rice | Os01g0649900 (OsGELP20)- identity=48; qcov=0.956; evalue=3.78e-108; confidence=high |
| GO | GO:0016788 (hydrolase activity, acting on ester bonds) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00657 (Lipase_GDSL) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130985414 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Secreted | 分泌到胞外 | 0.80000 | XP_057764362.1 |
| 2 | Vacuole | 液泡 | 0.40000 | XP_057764361.1 |
| 3 | Cell wall | 细胞壁 | 0.20000 | XP_057764362.1 |
| 4 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057764361.1 |
| 5 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057764361.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr5:5329819 |
G |
GAA |
2bp_insertion | frameshift_variant | 3 | B52,B94,C7 |
Chr5:5329819 |
G |
GAA |
2bp_insertion | CDS_variant | 3 | B52,B94,C7 |
Chr5:5329858 |
A |
ACT |
2bp_insertion | frameshift_variant | 24 | A14,A15,A6,A7,B130,B136,B16,B19,B23,B47,B48,B50,B59,C19,C2,C21,C22,C29,C31,C40,C50,C51,C70,C79 |
Chr5:5329859 |
A |
AG |
1bp_insertion | frameshift_variant | 24 | A14,A15,A6,A7,B130,B136,B16,B19,B23,B47,B48,B50,B59,C19,C2,C21,C22,C29,C31,C40,C50,C51,C70,C79 |
Chr5:5329865 |
A |
AT |
1bp_insertion | frameshift_variant | 2 | B136,C70 |
Chr5:5329865 |
A |
AT |
1bp_insertion | CDS_variant | 2 | B136,C70 |
Chr5:5329901 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D10 |
Chr5:5329903 |
TAA |
T |
2bp_deletion | frameshift_variant | 11 | A23,A3,B115,B17,B20,B27,B36,B98,C24,C35,C81 |
Chr5:5329908 |
C |
CT |
1bp_insertion | frameshift_variant | 11 | A23,A3,B115,B17,B20,B27,B36,B98,C24,C35,C81 |
Chr5:5329911 |
A |
AGG |
2bp_insertion | frameshift_variant | 11 | A23,A3,B115,B17,B20,B27,B36,B98,C24,C35,C81 |
Chr5:5329940 |
CTA |
C |
2bp_deletion | frameshift_variant | 4 | B47,B50,C19,C29 |
Chr5:5329940 |
CTA |
C |
2bp_deletion | CDS_variant | 4 | B47,B50,C19,C29 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057764361.1PF00657
Lipase_GDSL 86-401 aa
XP_057764362.1PF00657
Lipase_GDSL 26-341 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057764361.1 |
Pfam | PF00657 |
Lipase_GDSL | Family | 86 | 401 | 6.2e-25 | 89.3 | GDSL-like Lipase/Acylhydrolase |
XP_057764362.1 |
Pfam | PF00657 |
Lipase_GDSL | Family | 26 | 341 | 3.9e-25 | 90.0 | GDSL-like Lipase/Acylhydrolase |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
2 records
下载 cDNA FASTA2 records
下载 CDS FASTA2 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。