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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr05G000712

染色体: Chr05 坐标: 5384620-5387561 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr05G000712
名称SmilChr05G000712
描述GDSL esterase/lipase At5g45910-like
染色体 / SeqIDChr05 / NC_080391.1
坐标与链方向5384620 - 5387561 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130985423
GeneID130985423
locus_tag-
NCBI NameLOC130985423
原始查询SmilChr05G000712

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述GDSL esterase/lipase At5g45910-like
产物GDSL esterase/lipase At5g45910-like
ArabidopsisAT5G45910 (AT5G45910)
GDSL-like Lipase/Acylhydrolase superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:834631]
identity=54.7; qcov=1; evalue=1.44e-136; confidence=high
RiceOs01g0215700 (OsGELP6)
-
identity=58.6; qcov=0.918; evalue=1.01e-143; confidence=high
GOGO:0016788 (hydrolase activity, acting on ester bonds)
KEGG-
PfamPF00657 (Lipase_GDSL)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130985423

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Secreted 分泌到胞外 1.00000 XP_057764371.1
2 Cell wall 细胞壁 0.20000 XP_057764371.1
3 Vacuole 液泡 0.20000 XP_057764371.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057764371.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057764371.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr5:5384766 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B40,C62,C70
Chr5:5384924 T TCA 2bp_insertion frameshift_variant 1 B55
Chr5:5384924 T TCA 2bp_insertion CDS_variant 1 B55
Chr5:5384950 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A19,C29,C38,D4
Chr5:5385194 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C8
Chr5:5385277 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A19,C29,C38,D4
Chr5:5385285 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B7
Chr5:5386876 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A19,C29,C38
Chr5:5386920 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B45,B97,D4
Chr5:5386946 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C29

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057764371.1
368 aa
N
1
184
368
Lipase_GDSL
C
PF00657 Lipase_GDSL 26-347 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057764371.1 Pfam PF00657 Lipase_GDSL Family 26 347 1.3e-31 111.1 GDSL-like Lipase/Acylhydrolase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057908388.1
AGTTGGAGTGATAGCTATATATTTAAGGCTAGCTGCTCGCAGTATTAATTGATGAGTGGCCCAAAGGCAGCACTTGTTTTGTTTCCTAGTTGAAAATTCTCTTGTATCGATTGGAAACTTGGTAGCATGAAAATCATTTTCTTCTTCGTATTAACCTTTTCAATCACAGTTTTAAGCAGCCCTCCTCCAAAGTATGACTCAATTTTCAGCTTCGGAGATTCGCTCGCCGACACCGGAAACTTCCTGCTCTCCGGAGCTAT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130985423
ATGAAAATCATTTTCTTCTTCGTATTAACCTTTTCAATCACAGTTTTAAGCAGCCCTCCTCCAAAGTATGACTCAATTTTCAGCTTCGGAGATTCGCTCGCCGACACCGGAAACTTCCTGCTCTCCGGAGCTATCAAGTTTCCGGTGATCGGAGAACTCCCCTACGGCCAAACATTCTTCCGCCATGCCACCGGCCGTTGCTCCGACGGCCGCCTCATTGTCGACTTTATAGCGGAGGCATATGGTTTACCGTATTTACC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057764371.1
MKIIFFFVLTFSITVLSSPPPKYDSIFSFGDSLADTGNFLLSGAIKFPVIGELPYGQTFFRHATGRCSDGRLIVDFIAEAYGLPYLPPYLSHGKDEKFEHGVNFAVAGATALDPKFFYDRKIGQILWTNDSLSVQLGWFNNLKSTLCSHKQDCAKYFKRSLFLVGEIGGNDYNYPFFVGGTITQLKATVPAVVGAISAATAMLIEEGAVELIVPGNLPIGCNSVYLTLFRTSDATAYDKNGCLKAYNAFSKYHNSQLKIA...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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