Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr05G000727`

染色体: Chr05 坐标: 5556967-5558091 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr05G000727`
名称	SmilChr05G000727
描述	ethylene-response factor C3-like
染色体 / SeqID	Chr05 / NC_080391.1
坐标与链方向	5556967 - 5558091 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130985439`
GeneID	`130985439`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130985439`
原始查询	`SmilChr05G000727`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	ethylene-response factor C3-like
产物	ethylene-response factor C3-like
Arabidopsis	`AT4G18450` (AT4G18450) Integrase-type DNA-binding superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:827576] identity=45.5; qcov=0.805; evalue=1.81e-38; confidence=medium
Rice	`Os03g0860100` (OsERF#083) - identity=44.7; qcov=0.644; evalue=4.94e-29; confidence=medium
GO	GO:0003677 (DNA binding); GO:0003700 (DNA-binding transcription factor activity); GO:0006355 (regulation of DNA-templated transcription); GO:0009873 (ethylene-activated signaling pathway)
KEGG	-
Pfam	PF00847 (AP2)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130985439

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057764405.1`
2	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057764405.1`
3	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057764405.1`
4	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057764405.1`
5	Telomere	端粒	0.00000	`XP_057764405.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr5:5557530`	`G`	`GT`	1bp_insertion	frameshift_variant	6	B71,C15,C24,C62,C81,C82
`Chr5:5557548`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A13,B50,C45
`Chr5:5557556`	`T`	`TA`	1bp_insertion	frameshift_variant	3	B104,B4,C21
`Chr5:5557556`	`T`	`TA`	1bp_insertion	CDS_variant	3	B104,B4,C21
`Chr5:5557566`	`TG`	`T`	1bp_deletion	frameshift_variant	3	A13,B50,C45
`Chr5:5557566`	`TG`	`T`	1bp_deletion	CDS_variant	3	A13,B50,C45
`Chr5:5557587`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B17,C13,C21,C69,C78
`Chr5:5557621`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B17,C78
`Chr5:5557904`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A5,B49,B71,B98

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057764405.1

205 aa

102

205

AP2

PF00847 AP2 94-144 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057764405.1`	Pfam	`PF00847`	AP2	Domain	94	144	8e-16	58.8	AP2 domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057908422.1
AATCAAAGCTGCAGCACGTCACCTCTTGTAACTTTTCCGATTTATGGCCGCGTTTACACATCCAAACATCCTATCAAGTAGTATTAAAATATACAAACATTGCTTTTTCACCAAACAATCCTCGTAAATGAATACTATACATCGAATGTTCCAAGTAATTCACACGCAGACTTGTGCTAATTGATTATCTAAAATTTAAACAAATTAACCGCAGAATCATCCTAGAAATTTGGTGCTAGTAAATTGCAACACAAGTTTCT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130985439
ATGGGCGTGGAGAGTGAATCAAGCGAAGCAATTCTGGAGAATGTATGGGCAAAATTCATGGCGAAGACAGGTGAAGACGACGACGTATCGAAGTCGTGGGAAGGGTTGCCTAGTCTCGAGAGAGATGGATCCATGGAGATTTTGGAGAGGCTTCCGAGTTTAGGCAGATGGATATCGATGGGAGCCGAGGCGTGGGAACAATTTCTGGAAGGTTCCAACAGCACCGCCCTAACTGCAAACGATTGTGCCGCGAAAGCGGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057764405.1
MGVESESSEAILENVWAKFMAKTGEDDDVSKSWEGLPSLERDGSMEILERLPSLGRWISMGAEAWEQFLEGSNSTALTANDCAAKAETAAGRKHYRGVRRRPWGKYAAEIRDSSRKGARVWLGTFETAEEAALAYDKAALRIRGPKTHLNFPLETANDGADRWKRAADDGEEPLQKRSRRLDVDHDVLEFEDLGTEYLESLLYSL

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器