Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr05G000728`

染色体: Chr05 坐标: 5559511-5559810 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr05G000728`
名称	SmilChr05G000728
描述	pathogenesis-related genes transcriptional activator PTI5-like
染色体 / SeqID	Chr05 / NC_080391.1
坐标与链方向	5559511 - 5559810 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131025454`
GeneID	`131025454`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131025454`
原始查询	`SmilChr05G000728`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	pathogenesis-related genes transcriptional activator PTI5-like
产物	pathogenesis-related genes transcriptional activator PTI5-like
Arabidopsis	`AT3G23240` (ERF1) ethylene response factor 1 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:821902] identity=57; qcov=1.08; evalue=7.16e-36; confidence=medium
Rice	`Os04g0546800` (OsERF1) - identity=78.5; qcov=0.657; evalue=5.18e-31; confidence=medium
GO	GO:0003677 (DNA binding); GO:0003700 (DNA-binding transcription factor activity); GO:0006355 (regulation of DNA-templated transcription); GO:0009873 (ethylene-activated signaling pathway)
KEGG	smil04626 (Plant-pathogen interaction - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
Pfam	PF00847 (AP2)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131025454

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057811228.1`
2	Cytoplasm	细胞质	0.20000	`XP_057811228.1`
3	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057811228.1`
4	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057811228.1`
5	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057811228.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr5:5559544`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B135,C23,C71
`Chr5:5559645`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B78
`Chr5:5559667`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B77
`Chr5:5559706`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B73
`Chr5:5559751`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B127,B38,B39,B88,B97

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057811228.1

99 aa

AP2

PF00847 AP2 36-87 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057811228.1`	Pfam	`PF00847`	AP2	Domain	36	87	1.5e-16	61.1	AP2 domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057955245.1
ATGGATGTGCTGCCTCTAAATGAGAATGATTCAGAAGAAATCATATTACACCAAGTGTTGAGTGAGGCGGATGCGTTGAGCAGGGATCCGGATCCGAGCAAGAAGCGGTACAGAGGCGTGCGGCAGCGGCCGTGGGGGAAGTTCGCGGCGGAGATACGGGACTCCGCCCGCCACGGGGCCAGGATTTGGCTCGGCACCTTTGACACCGCCGAACAAGCTGCCTTGGCTTACGACGCCGCCGCCTTCAGAATGCGAGGCTC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131025454
ATGGATGTGCTGCCTCTAAATGAGAATGATTCAGAAGAAATCATATTACACCAAGTGTTGAGTGAGGCGGATGCGTTGAGCAGGGATCCGGATCCGAGCAAGAAGCGGTACAGAGGCGTGCGGCAGCGGCCGTGGGGGAAGTTCGCGGCGGAGATACGGGACTCCGCCCGCCACGGGGCCAGGATTTGGCTCGGCACCTTTGACACCGCCGAACAAGCTGCCTTGGCTTACGACGCCGCCGCCTTCAGAATGCGAGGCTC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057811228.1
MDVLPLNENDSEEIILHQVLSEADALSRDPDPSKKRYRGVRQRPWGKFAAEIRDSARHGARIWLGTFDTAEQAALAYDAAAFRMRGSKAMLNFPAHQNS

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器