当前解析结果
SmilChr05G000734| 统一新 Gene ID | SmilChr05G000734 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr05G000734 |
| 描述 | uncharacterized SmilChr05G000734 |
| 染色体 / SeqID | Chr05 / NC_080391.1 |
| 坐标与链方向 | 5593661 - 5597528 / - |
| NCBI Gene ID | LOC130985446 |
|---|---|
| GeneID | 130985446 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130985446 |
| 原始查询 | SmilChr05G000734 |
| 来源 | GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | Chaperone DnaJ-domain superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:816361]; symbol=AT2G18465; hit=AT2G18465; species=arabidopsis; confidence=low |
| 产物 | Chaperone DnaJ-domain superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:816361]; symbol=AT2G18465; hit=AT2G18465; species=arabidopsis; confidence=low |
| Arabidopsis | AT2G18465 (AT2G18465)Chaperone DnaJ-domain superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:816361] identity=33.1; qcov=1.13; evalue=2.23e-26; confidence=low |
| Rice | Os04g0687300 (OsDjC46)- identity=33.6; qcov=1.1; evalue=6.04e-25; confidence=low |
| GO | - |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00226 (DnaJ) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130985446 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Mitochondrion | 线粒体 | 1.00000 | XP_057764413.1 |
| 2 | Mitochondrion matrix | 线粒体基质 | 0.80000 | XP_057764413.1 |
| 3 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057764413.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057764413.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057764413.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr5:5593955 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B118,B12,B36,B71,C27 |
Chr5:5594190 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B17,B71 |
Chr5:5594191 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B107,B51,B87,B88 |
Chr5:5594212 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B132,B45 |
Chr5:5594332 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B30,B42,C31,C79 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057764413.1PF00226
DnaJ 177-232 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057764413.1 |
Pfam | PF00226 |
DnaJ | Domain | 177 | 232 | 1.1e-08 | 35.8 | DnaJ domain |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。