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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr05G000747

染色体: Chr05 坐标: 5761428-5765008 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr05G000747
名称SmilChr05G000747
描述receptor-like protein kinase HSL1
染色体 / SeqIDChr05 / NC_080391.1
坐标与链方向5761428 - 5765008 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130985461
GeneID130985461
locus_tag-
NCBI NameLOC130985461
原始查询SmilChr05G000747

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述receptor-like protein kinase HSL1
产物receptor-like protein kinase HSL1
ArabidopsisAT1G28440 (HSL1)
HAESA-like 1 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:839742]
identity=68.7; qcov=0.996; evalue=0; confidence=high
RiceOs01g0239700
-
identity=61.5; qcov=0.988; evalue=0; confidence=high
GOGO:0004672 (protein kinase activity); GO:0005524 (ATP binding); GO:0006468 (protein phosphorylation); GO:0033612 (receptor serine/threonine kinase binding)
KEGG-
PfamPF00069 (Pkinase); PF00560 (LRR_1); PF07714 (PK_Tyr_Ser-Thr); PF08263 (LRRNT_2); PF12799 (LRR_4); PF13855 (LRR_8)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130985461

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057764429.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057764429.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057764429.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057764429.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057764429.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr5:5762001 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A14,A25,B127,C86
Chr5:5762263 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C52
Chr5:5762452 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B111
Chr5:5762891 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B111
Chr5:5762903 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B53,C18
Chr5:5763230 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B46,C8,D4
Chr5:5763401 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B77,B79
Chr5:5763449 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C59
Chr5:5763472 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B103
Chr5:5763551 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr5:5763581 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C38
Chr5:5763824 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C44

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057764429.1
993 aa
N
1
496
993
LRRNT_2
LRR_8
LRR_4
LRR_1
LRR_8
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
Pkinase
PK_Tyr_Ser-Thr
C
PF08263 LRRNT_2 24-63 aa PF13855 LRR_8 115-152 aa PF12799 LRR_4 116-153 aa PF00560 LRR_1 117-139 aa PF13855 LRR_8 140-199 aa PF00560 LRR_1 141-162 aa PF00560 LRR_1 190-212 aa PF00560 LRR_1 214-236 aa PF00560 LRR_1 239-260 aa PF00560 LRR_1 454-476 aa PF00560 LRR_1 503-524 aa PF00560 LRR_1 527-548 aa PF00560 LRR_1 551-572 aa PF00560 LRR_1 573-590 aa PF00069 Pkinase 689-908 aa PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 689-962 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057764429.1 Pfam PF08263 LRRNT_2 Family 24 63 4.4e-13 50.0 Leucine rich repeat N-terminal domain
XP_057764429.1 Pfam PF13855 LRR_8 Repeat 115 152 9.2e-36 122.1 Leucine rich repeat
XP_057764429.1 Pfam PF12799 LRR_4 Repeat 116 153 2.8e-28 98.0 Leucine Rich repeats (2 copies)
XP_057764429.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 117 139 5.1e-50 157.3 Leucine Rich Repeat
XP_057764429.1 Pfam PF13855 LRR_8 Repeat 140 199 9.2e-36 122.1 Leucine rich repeat
XP_057764429.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 141 162 5.1e-50 157.3 Leucine Rich Repeat
XP_057764429.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 190 212 5.1e-50 157.3 Leucine Rich Repeat
XP_057764429.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 214 236 5.1e-50 157.3 Leucine Rich Repeat
XP_057764429.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 239 260 5.1e-50 157.3 Leucine Rich Repeat
XP_057764429.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 454 476 5.1e-50 157.3 Leucine Rich Repeat
XP_057764429.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 503 524 5.1e-50 157.3 Leucine Rich Repeat
XP_057764429.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 527 548 5.1e-50 157.3 Leucine Rich Repeat
XP_057764429.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 551 572 5.1e-50 157.3 Leucine Rich Repeat
XP_057764429.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 573 590 5.1e-50 157.3 Leucine Rich Repeat
XP_057764429.1 Pfam PF00069 Pkinase Domain 689 908 6.9e-40 137.8 Protein kinase domain
XP_057764429.1 Pfam PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr Domain 689 962 1.4e-36 126.9 Protein tyrosine and serine/threonine kinase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057908446.1
TTCTATTTATATTTGAAAAATTCAAGTATCGATTTCTATCTGTCCACCCCATAAACAAACATGTCCTAGTTGAGCTCCCAACTTTCCCTTGCCCACCTTTTCACTCCTGCGGCAACCACCACCCACCGCATTCCCATCTCCTCCACCGCCAAAATGCCGCACCACCACCTCATATTCCTACTCCTATTCACCCTCTCATCCTCGCCCCTTATTCTCTGCCTCACCCAAGAAGGCCAGTACCTCCTCCAAGCCAAGCTCGG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130985461
ATGCCGCACCACCACCTCATATTCCTACTCCTATTCACCCTCTCATCCTCGCCCCTTATTCTCTGCCTCACCCAAGAAGGCCAGTACCTCCTCCAAGCCAAGCTCGGCTTCGACGATCCAAACTCCGTCCTCGCCAGCTGGAACCCTACCGACGCCACGCCCTGCAAATGGAACGGCGTCGTGTGCGATCCCGCCACCGGCTCCGTCGTGTCGCTCGACCTCTCCAGTTCCAACCTCTCCGGCCCCTTCCCTTCCATTCT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057764429.1
MPHHHLIFLLLFTLSSSPLILCLTQEGQYLLQAKLGFDDPNSVLASWNPTDATPCKWNGVVCDPATGSVVSLDLSSSNLSGPFPSILCRLRNLISISFYDNFINSTLRDNDVALCQSLEHLDLAQNYLTGELPRTLADLPSLKYLDLTGNNFSGLIPDSFGTFQKLEVLALVENLLDGIIPAFLGNVSTLKQLNLSYNPFSPGRVPPELGNLTNLEVLWLTETNLIGEIPESLGRLGRLTDLDLAYNSLSGAIPSSLTEL...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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