当前解析结果
SmilChr05G000749| 统一新 Gene ID | SmilChr05G000749 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr05G000749 |
| 描述 | protein DMP6 |
| 染色体 / SeqID | Chr05 / NC_080391.1 |
| 坐标与链方向 | 5803885 - 5804777 / + |
| NCBI Gene ID | LOC130985464 |
|---|---|
| GeneID | 130985464 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130985464 |
| 原始查询 | SmilChr05G000749 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | protein DMP6 |
| 产物 | protein DMP6 |
| Arabidopsis | AT5G46090 (AT5G46090)transmembrane protein, putative (DUF679) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:834650] identity=62.4; qcov=1; evalue=1.35e-89; confidence=high |
| Rice | Os05g0562800- identity=62.9; qcov=0.886; evalue=2.45e-78; confidence=high |
| GO | GO:0010256 (endomembrane system organization) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF05078 (DUF679) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130985464 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Vacuole membrane | 液泡膜 | 0.80000 | XP_057764435.1 |
| 2 | Vacuole | 液泡 | 0.60000 | XP_057764435.1 |
| 3 | Endoplasmic reticulum | 内质网 | 0.40000 | XP_057764435.1 |
| 4 | Endoplasmic reticulum membrane | 内质网膜 | 0.40000 | XP_057764435.1 |
| 5 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057764435.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr5:5804260 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B45,B60,B82,C39 |
Chr5:5804269 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | A3,B17,B55,B94,C40 |
Chr5:5804312 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B36,B7,B73 |
Chr5:5804329 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C60 |
Chr5:5804359 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B122 |
Chr5:5804434 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | A14,A25,B104,B127,C86 |
Chr5:5804598 |
C |
CG |
1bp_insertion | frameshift_variant | 50 | A18,A20,A7,A8,B110,B13,B130,B131,B132,B134,B21,B22,B36,B38,B40,B41,B45,B47,B50,B51,B64,B66,B7,B73,B75,B79,B86,B89,B9,B91,C10,C12,C14,C23,C27,C28,C3,C32,C49,C50,C59,C68,C7,C76,C78,C8,C80,C84,D10,D11 |
Chr5:5804603 |
GA |
G |
1bp_deletion | frameshift_variant | 50 | A18,A20,A7,A8,B110,B13,B130,B131,B132,B134,B21,B22,B36,B38,B40,B41,B45,B47,B50,B51,B64,B66,B7,B73,B75,B79,B86,B89,B9,B91,C10,C12,C14,C23,C27,C28,C3,C32,C49,C50,C59,C68,C7,C76,C78,C8,C80,C84,D10,D11 |
Chr5:5804625 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B28,B44,C19 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057764435.1PF05078
DUF679 34-196 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057764435.1 |
Pfam | PF05078 |
DUF679 | Family | 34 | 196 | 7.4e-71 | 238.1 | Protein of unknown function (DUF679) |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。