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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr05G000753

染色体: Chr05 坐标: 5826468-5830080 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr05G000753
名称SmilChr05G000753
描述triose phosphate/phosphate translocator, chloroplastic
染色体 / SeqIDChr05 / NC_080391.1
坐标与链方向5826468 - 5830080 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130985466
GeneID130985466
locus_tag-
NCBI NameLOC130985466
原始查询SmilChr05G000753

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述triose phosphate/phosphate translocator, chloroplastic
产物triose phosphate/phosphate translocator%2C chloroplastic
ArabidopsisAT5G46110 (APE2)
Glucose-6-phosphate/phosphate translocator-like protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:834652]
identity=77.7; qcov=1.02; evalue=0; confidence=high
RiceOs01g0239200 (OsTPT1)
-
identity=79.1; qcov=0.911; evalue=0; confidence=high
GOGO:0005794 (Golgi apparatus); GO:0015297 (antiporter activity); GO:0016020 (membrane); GO:0055085 (transmembrane transport)
KEGG-
PfamPF00892 (EamA); PF03151 (TPT)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130985466

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Chloroplast 叶绿体 1.00000 XP_057764436.1
2 Chloroplast membrane 叶绿体膜 1.00000 XP_057764436.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057764436.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057764436.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057764436.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr5:5826680 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B79
Chr5:5826795 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B111,B28,B44,C19
Chr5:5826916 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B113,B122,D10
Chr5:5827737 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B93,C61
Chr5:5827793 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B93,C61
Chr5:5828323 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B93,C61
Chr5:5828559 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B28,B93,C63,C9
Chr5:5828560 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C59
Chr5:5828602 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B28,B93,C63,C9
Chr5:5828752 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B28,B93,C63,C9
Chr5:5828799 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A3,C61,D2
Chr5:5828803 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B40

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057764436.1
405 aa
N
1
202
405
TPT
EamA
C
PF03151 TPT 102-389 aa PF00892 EamA 245-389 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057764436.1 Pfam PF03151 TPT Family 102 389 4e-111 371.8 Triose-phosphate Transporter family
XP_057764436.1 Pfam PF00892 EamA Domain 245 389 8.4e-13 49.5 EamA-like transporter family

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057908453.1
CCGAAGCACCACATCCATCGGATTGAACCTCCAAATTATACGAACCGTCTATTACTTCAGGCGATTGCAGCCACTCATACCTCCCCGCCACTCCCCCTGTGCACATTAACCTTCCCGGCGCACGTTAATTCCTTCTTAGCTAGGCGAAAAACACTATCACTCTCCCCTCTCTCTTTCCCTCTCTTTCTCTCTGCAGTCAAAATGGAGTCTCGCGTGCTCAGCGGCGCCACCATTCGCGGCCTAGCTCTTCCCCTCAAGCC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130985466
ATGGAGTCTCGCGTGCTCAGCGGCGCCACCATTCGCGGCCTAGCTCTTCCCCTCAAGCCATCAGCTAGGCTCACCGGAAACTGCACTTTCCCCGCCCCGAAGCTCACAGGAAGAGTGAGCGACGGCGGGAACTTGATATGGGGAAGGCAGCTCCGACCGGCAATATTGCTCGAAGCTTCACCGGCCAGCGTGGCTTCTCCGGTGATGAAGAGGGAGAGCATTCAGCCGTGCTTAGCCACGGCGGAGGGCAGCGATTCCGC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057764436.1
MESRVLSGATIRGLALPLKPSARLTGNCTFPAPKLTGRVSDGGNLIWGRQLRPAILLEASPASVASPVMKRESIQPCLATAEGSDSAGGAKVGLLEKYPALVTGFFFFMWYFLNVIFNILNKKIYNYFPYPYFVSVIHLFVGVVYCLVSWTVGLPKRAPIDGNLLKLLIPVAVCHALGHVTSNVSFAAVAVSFTHTVKALEPFFNAAASQFILGQQIPLTLWLSLAPVVLGVSMASLTEMSFNWLGFITAMISNISFTYR...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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