当前解析结果
SmilChr05G000759| 统一新 Gene ID | SmilChr05G000759 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr05G000759 |
| 描述 | protein E6-like |
| 染色体 / SeqID | Chr05 / NC_080391.1 |
| 坐标与链方向 | 5879257 - 5880711 / + |
| NCBI Gene ID | LOC130985473 |
|---|---|
| GeneID | 130985473 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130985473 |
| 原始查询 | SmilChr05G000759 |
| 来源 | GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | protein E6-like |
| 产物 | protein E6-like |
| Arabidopsis | -- |
| Rice | -- |
| GO | - |
| KEGG | - |
| Pfam | PF30986 (E6-like) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130985473 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Secreted | 分泌到胞外 | 0.80000 | XP_057764443.1 |
| 2 | Cell wall | 细胞壁 | 0.20000 | XP_057764443.1 |
| 3 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057764443.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057764443.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057764443.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr5:5879544 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B135 |
Chr5:5879573 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B33,B44,C2 |
Chr5:5879580 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B33,B44,C2 |
Chr5:5879591 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B28 |
Chr5:5879639 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C71 |
Chr5:5879702 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | A4,C44,D4 |
Chr5:5879756 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B111 |
Chr5:5879863 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B38,B39,B7,B94,C73 |
Chr5:5879879 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C59 |
Chr5:5879927 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B35,B46,C8,D4 |
Chr5:5879938 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C18 |
Chr5:5880028 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B133,B90,B92,C1,C64 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057764443.1PF30986
E6-like 1-215 aa
PF30986
E6-like 173-305 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057764443.1 |
Pfam | PF30986 |
E6-like | Family | 1 | 215 | 2.1e-37 | 130.4 | E6 cell wall protein |
XP_057764443.1 |
Pfam | PF30986 |
E6-like | Family | 173 | 305 | 2.1e-37 | 130.4 | E6 cell wall protein |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。