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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr05G000761

染色体: Chr05 坐标: 5895155-5898721 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr05G000761
名称SmilChr05G000761
描述protein NUCLEAR FUSION DEFECTIVE 6, mitochondrial-like
染色体 / SeqIDChr05 / NC_080391.1
坐标与链方向5895155 - 5898721 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130985475
GeneID130985475
locus_tag-
NCBI NameLOC130985475
原始查询SmilChr05G000761

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Arabidopsis/Rice homolog
描述protein NUCLEAR FUSION DEFECTIVE 6, mitochondrial-like
产物protein NUCLEAR FUSION DEFECTIVE 6%2C mitochondrial-like
ArabidopsisAT2G33847 (AT2G33847)
uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:5007926]
identity=53.9; qcov=1.01; evalue=1.38e-21; confidence=medium
RiceOs01g0754000
-
identity=43.5; qcov=1.02; evalue=4.9e-11; confidence=low
GOGO:0005739 (mitochondrion)
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130985475

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Mitochondrion 线粒体 1.00000 XP_057764445.1
2 Mitochondrion membrane 线粒体膜 0.60000 XP_057764445.1
3 Mitochondrion inner membrane 线粒体内膜 0.40000 XP_057764445.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057764445.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057764445.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr5:5895326 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B23
Chr5:5895589 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C12,C78
Chr5:5895618 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B16
Chr5:5895619 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B137,C73
Chr5:5895621 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B137
Chr5:5895651 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B71,C62
Chr5:5897682 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C61

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

4 records

下载 cDNA FASTA
XM_057908462.1
TTTTTAAGATAATAATCGAAACAGAAAGAAAAGACACTGTTGAGCTCAATAAGTCTGGGCCAGCGCTAAAACCCCCATTAAGCCCTACCTCTGTAGACTGTAGTCTGTAATCGGCGCCTGAGATCCGCATAACAGTTTCGCTACACTTCCGCATTTTGTCATGGCCTCCTTCGCCGCCAGGTCTGTCTTGCGCTCCGCCCGAAGCTCCGCCGCCAGAATCTCCGTCGGCGTCAAGCCGAGGACTTCTCCATCTCCATTTC...
XM_057908465.1
TGAGCTCAATAAGTCTGGGCCAGCGCTAAAACCCCCATTAAGCCCTACCTCTGTAGACTGTAGTCTGTAATCGGCGCCTGAGATCCGCATAACAGTTTCGCTACACTTCCGCATTTTGTCATGGCCTCCTTCGCCGCCAGGTCTGTCTTGCGCTCCGCCCGAAGCTCCGCCGCCAGAATCTCCGTCGGCGTCAAGCCGAGGACTTCTCCATCTCCATTTCGCGTCCCATCCCAAAATCCGCTCTCCGCTCGCATTTTCAG...

CDS

4 records

下载 CDS FASTA
LOC130985475
ATGGCCTCCTTCGCCGCCAGGTCTGTCTTGCGCTCCGCCCGAAGCTCCGCCGCCAGAATCTCCGTCGGCGTCAAGCCGAGGACTTCTCCATCTCCATTTCGCGTCCCATCCCAAAATCCGCTCTCCGCTCGCATTTTCAGGTCGCCCGTGGAGATGAGCTGTGTTAGCTTGGCTTCGATGTTGCCGTACCACACTGCGACTGCCTCGGCGGTGCTTACCTCGATGCTTTCCGTTGCTCCTCGTACCCACGCTTGGACTAT...
LOC130985475
ATGGCCTCCTTCGCCGCCAGGTCTGTCTTGCGCTCCGCCCGAAGCTCCGCCGCCAGAATCTCCGTCGGCGTCAAGCCGAGGACTTCTCCATCTCCATTTCGCGTCCCATCCCAAAATCCGCTCTCCGCTCGCATTTTCAGGTCGCCCGTGGAGATGAGCTGTGTTAGCTTGGCTTCGATGTTGCCGTACCACACTGCGACTGCCTCGGCGGTGCTTACCTCGATGCTTTCCGTTGCTCCTCGTACCCACGCTTGGACTAT...

Protein

4 records

下载 Protein FASTA
XP_057764445.1
MASFAARSVLRSARSSAARISVGVKPRTSPSPFRVPSQNPLSARIFRSPVEMSCVSLASMLPYHTATASAVLTSMLSVAPRTHAWTIEACNEGV
XP_057764446.1
MASFAARSVLRSARSSAARISVGVKPRTSPSPFRVPSQNPLSARIFRSPVEMSCVSLASMLPYHTATASAVLTSMLSVAPRTHAWTIEGQERTR

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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