当前解析结果
SmilChr05G000764| 统一新 Gene ID | SmilChr05G000764 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr05G000764 |
| 描述 | MACPF domain-containing protein NSL1 |
| 染色体 / SeqID | Chr05 / NC_080391.1 |
| 坐标与链方向 | 5908617 - 5912571 / - |
| NCBI Gene ID | LOC130985477 |
|---|---|
| GeneID | 130985477 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130985477 |
| 原始查询 | SmilChr05G000764 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | MACPF domain-containing protein NSL1 |
| 产物 | MACPF domain-containing protein NSL1 |
| Arabidopsis | AT1G28380 (NSL1)MAC/Perforin domain-containing protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:839735] identity=62.9; qcov=1; evalue=0; confidence=high |
| Rice | Os07g0166100 (P0039H02.131)- identity=55.7; qcov=0.998; evalue=0; confidence=high |
| GO | GO:0005886 (plasma membrane); GO:0009626 (plant-type hypersensitive response); GO:2000031 (regulation of salicylic acid mediated signaling pathway) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF01823 (MACPF) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130985477 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cytosol | 细胞质基质 | 0.80000 | XP_057764451.1 |
| 2 | Cytoplasm | 细胞质 | 0.40000 | XP_057764451.1 |
| 3 | Secreted | 分泌到胞外 | 0.20000 | XP_057764451.1 |
| 4 | Cell membrane | 细胞膜 | 0.20000 | XP_057764451.1 |
| 5 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057764451.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr5:5908807 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C85 |
Chr5:5908827 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B1,D10 |
Chr5:5908950 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B12 |
Chr5:5909004 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | A3,B23,D2 |
Chr5:5909130 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B23 |
Chr5:5909246 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C12 |
Chr5:5909637 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B16 |
Chr5:5909640 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B44,B67,C12,C78 |
Chr5:5909836 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C44 |
Chr5:5909952 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C81 |
Chr5:5910070 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B69,D10 |
Chr5:5910121 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D10 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057764451.1PF01823
MACPF 20-334 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057764451.1 |
Pfam | PF01823 |
MACPF | Domain | 20 | 334 | 1.3e-31 | 111.0 | MAC/Perforin domain |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。