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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr05G000765

染色体: Chr05 坐标: 5938786-5940012 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr05G000765
名称SmilChr05G000765
描述ethylene-responsive transcription factor 4
染色体 / SeqIDChr05 / NC_080391.1
坐标与链方向5938786 - 5940012 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130985479
GeneID130985479
locus_tag-
NCBI NameLOC130985479
原始查询SmilChr05G000765

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述ethylene-responsive transcription factor 4
产物ethylene-responsive transcription factor 4
ArabidopsisAT5G44210 (ERF9)
erf domain protein 9 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:834444]
identity=45; qcov=0.948; evalue=1.74e-38; confidence=medium
RiceOs04g0610400 (ERF77)
-
identity=44; qcov=1.03; evalue=7.29e-28; confidence=medium
GOGO:0003677 (DNA binding); GO:0003700 (DNA-binding transcription factor activity); GO:0006355 (regulation of DNA-templated transcription)
KEGG-
PfamPF00847 (AP2)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130985479

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057764454.1
2 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057764454.1
3 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057764454.1
4 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057764454.1
5 Telomere 端粒 0.00000 XP_057764454.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr5:5939327 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C11
Chr5:5939350 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B33
Chr5:5939439 CA C 1bp_deletion frameshift_variant 1 A1
Chr5:5939439 CA C 1bp_deletion CDS_variant 1 A1
Chr5:5939560 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B113
Chr5:5939718 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C79
Chr5:5939755 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A15

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057764454.1
211 aa
N
1
106
211
AP2
C
PF00847 AP2 17-67 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057764454.1 Pfam PF00847 AP2 Domain 17 67 2.7e-14 53.9 AP2 domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057908471.1
CGAACAGAGGGAATGTATTAAAAAGTGGAAATTACAATAAATAGTAGTGAAATAAACTAAGTAGTAGTATTTGAAATGAATCCAAATAAAAGGAAGAAAATAATAGTGAAAATGATTGGACGTAGAGAAAAAAAGAAACAGGTCGTGAGTTGAGAAACAGATGCCGTTGAGAGCAGAAAGTAGGAGAATGTATAACACACACACTTCACACTTCCCACGTATCTAATCAACAATGTCGCCAACAAATCCTTGTTGCCACG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130985479
ATGGCGCCGACGGCGGCGGGGTGCCGGGGAGCCCAAGACACCAACGCGCACTTTCGCGGCGTCAGGAAGCGCCCCTGGGGCCGCTACGCCGCCGAGATCAGGGATCCCGCCAAGAAGAGCCGCGTCTGGCTCGGTACGTTCGACACGGCGGAGGAGGCCGCCCGCGCCTACGACACCGCCGCCCGCCAATTCCGCGGCCATAAAGCCAAGACCAACTTTCCTCCGCTCCAATCCCACACCAAGAAGCCCGACCGCAGCCC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057764454.1
MAPTAAGCRGAQDTNAHFRGVRKRPWGRYAAEIRDPAKKSRVWLGTFDTAEEAARAYDTAARQFRGHKAKTNFPPLQSHTKKPDRSPSQSSTVESSSRETFPIPDSKLLQLTLGRRPMRFPFGYLRPAAPVSAAGFLPLQNTMLHLRPESRQEIIQVMNEMRRPPADFLLCAGGGTAQSESDSSSAVVDLPKSPPGRGINLDLNLPPPETI

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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