Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr05G000773`

染色体: Chr05 坐标: 6028855-6032489 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr05G000773`
名称	SmilChr05G000773
描述	mitochondrial arginine transporter BAC1
染色体 / SeqID	Chr05 / NC_080391.1
坐标与链方向	6028855 - 6032489 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130985488`
GeneID	`130985488`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130985488`
原始查询	`SmilChr05G000773`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	mitochondrial arginine transporter BAC1
产物	mitochondrial arginine transporter BAC1
Arabidopsis	`AT2G33820` (MBAC1) Mitochondrial substrate carrier family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:817949] identity=66; qcov=0.997; evalue=3.19e-156; confidence=high
Rice	`Os11g0423800` - identity=62.6; qcov=0.401; evalue=9.04e-50; confidence=low
GO	GO:0000064 (L-ornithine transmembrane transporter activity); GO:1990575 (mitochondrial L-ornithine transmembrane transport)
KEGG	-
Pfam	PF00153 (Mito_carr)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130985488

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Mitochondrion	线粒体	1.00000	`XP_057764472.1`
2	Mitochondrion membrane	线粒体膜	1.00000	`XP_057764472.1`
3	Mitochondrion inner membrane	线粒体内膜	1.00000	`XP_057764472.1`
4	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057764472.1`
5	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057764472.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr5:6030327`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B73,C9
`Chr5:6030329`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B13,B45,B87,C72
`Chr5:6031446`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B67
`Chr5:6031473`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B111
`Chr5:6031523`	`TG`	`T`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	B29
`Chr5:6031523`	`TG`	`T`	1bp_deletion	CDS_variant	1	B29

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057764472.1

307 aa

154

307

Mito_carr

PF00153 Mito_carr 11-101 aa PF00153 Mito_carr 113-202 aa PF00153 Mito_carr 221-303 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057764472.1`	Pfam	`PF00153`	Mito_carr	Repeat	11	101	5.5e-65	215.9	Mitochondrial carrier protein
`XP_057764472.1`	Pfam	`PF00153`	Mito_carr	Repeat	113	202	5.5e-65	215.9	Mitochondrial carrier protein
`XP_057764472.1`	Pfam	`PF00153`	Mito_carr	Repeat	221	303	5.5e-65	215.9	Mitochondrial carrier protein

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057908489.1
AATTAACCTATTTGAAGATCAAGTTTTGGAGAATTAAGTTAAGGACAAAGTGAATCTACTTGAGATGAATTGAAAAGGTAATCAGCTATCAAGTCTGCTAAAGAAATACGGAATTAACCCGACGTATATTCAAATCAGATTCTTATCGCGAAAATCGAAAATCTTTTTCACTTTCCATCCGCGAACTCTAACCCTAACCGTTTAAATTTGAGGGCCGACCCGTTTTGTTACTTAACCGCCGGGGCAGCCAACAACACAGA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130985488
ATGGGGGAAAGTGCGGGCTTTGTGTCGGGTTACAAGGAGTACGTCGCCGGTATGCTGGCTGGAGTTGCCACTGTCATTGTTGGTCATCCATTCGATACTGTCAAGGTGAAGCTGCAAAAACATAATACAGAAGCTAATGGGATTAAGTACAAGAATGGTTTGCACTGTACTACAAGAATATTGAAGACAGAAGGAGTGAAAGGGCTCTATCGTGGCGCAACGTCTTCTTTTGTGGGAATGGCCTTTGAAAGCTCACTTGC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057764472.1
MGESAGFVSGYKEYVAGMLAGVATVIVGHPFDTVKVKLQKHNTEANGIKYKNGLHCTTRILKTEGVKGLYRGATSSFVGMAFESSLAFGIYSQTKHLLQGKAQSGEPQLLSIIPAGLFAGGVISFILCPSELVKCRMQVQGADSFIQSSSRYSSPIDCALKTVKSEGLTGIFRGGGATFFRESIGNAVFFSTYEYVRYYMHKPLRDASSDLTHVIDVGVGIVSGGLGGIACWSVVLPLDVAKTIIQTSPDKNHTRNPAQI...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器