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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr05G000774

染色体: Chr05 坐标: 6034367-6035564 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr05G000774
名称SmilChr05G000774
描述squamosa promoter-binding protein 1
染色体 / SeqIDChr05 / NC_080391.1
坐标与链方向6034367 - 6035564 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130985489
GeneID130985489
locus_tag-
NCBI NameLOC130985489
原始查询SmilChr05G000774

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述squamosa promoter-binding protein 1
产物squamosa promoter-binding protein 1
ArabidopsisAT2G33810 (SPL3)
squamosa promoter binding protein-like 3 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:817948]
identity=59.1; qcov=0.992; evalue=4.88e-43; confidence=medium
RiceOs07g0505200 (GLW7)
-
identity=72.2; qcov=0.594; evalue=1.25e-36; confidence=medium
GOGO:0003677 (DNA binding); GO:0003700 (DNA-binding transcription factor activity); GO:0005634 (nucleus); GO:0009908 (flower development)
KEGG-
PfamPF03110 (SBP)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130985489

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057764473.1
2 Nucleoplasm 核质 0.40000 XP_057764473.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057764473.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057764473.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057764473.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr5:6035298 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B15,B45,B60,C39
Chr5:6035485 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B73

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057764473.1
133 aa
N
1
66
133
SBP
C
PF03110 SBP 55-128 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057764473.1 Pfam PF03110 SBP Domain 55 128 4.4e-33 114.1 SBP domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057908490.1
ATGGAAACCAGCAAGGAAGAAGGGAAGAGGATCCTCCTGGTACCTGAATTGGATGAGGAAGGTGAAGATGACGAAGATACTGGAGAAGATAGCAAGAAAAAAGGAGCCTTGACTCCCTCCAAAAGAAGAGTATCTGGTGCAGGAGGATCAACACAGCGTTCTTGCCAGGCAGAAGACTGCACCGCTGATATGGCTGATGCCAAGCCTTACCATCGTCGACATAAAGTTTGTGAATTTCATGCCAAGGCTGCAGTGGTTCT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130985489
ATGGAAACCAGCAAGGAAGAAGGGAAGAGGATCCTCCTGGTACCTGAATTGGATGAGGAAGGTGAAGATGACGAAGATACTGGAGAAGATAGCAAGAAAAAAGGAGCCTTGACTCCCTCCAAAAGAAGAGTATCTGGTGCAGGAGGATCAACACAGCGTTCTTGCCAGGCAGAAGACTGCACCGCTGATATGGCTGATGCCAAGCCTTACCATCGTCGACATAAAGTTTGTGAATTTCATGCCAAGGCTGCAGTGGTTCT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057764473.1
METSKEEGKRILLVPELDEEGEDDEDTGEDSKKKGALTPSKRRVSGAGGSTQRSCQAEDCTADMADAKPYHRRHKVCEFHAKAAVVLLSGLRQRFCQQCSRFHELSEFDEAKRSCRRRLAGHNERRRKSSYDS

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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