当前解析结果
SmilChr05G000774| 统一新 Gene ID | SmilChr05G000774 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr05G000774 |
| 描述 | squamosa promoter-binding protein 1 |
| 染色体 / SeqID | Chr05 / NC_080391.1 |
| 坐标与链方向 | 6034367 - 6035564 / - |
| NCBI Gene ID | LOC130985489 |
|---|---|
| GeneID | 130985489 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130985489 |
| 原始查询 | SmilChr05G000774 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | squamosa promoter-binding protein 1 |
| 产物 | squamosa promoter-binding protein 1 |
| Arabidopsis | AT2G33810 (SPL3)squamosa promoter binding protein-like 3 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:817948] identity=59.1; qcov=0.992; evalue=4.88e-43; confidence=medium |
| Rice | Os07g0505200 (GLW7)- identity=72.2; qcov=0.594; evalue=1.25e-36; confidence=medium |
| GO | GO:0003677 (DNA binding); GO:0003700 (DNA-binding transcription factor activity); GO:0005634 (nucleus); GO:0009908 (flower development) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF03110 (SBP) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130985489 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Nucleus | 细胞核 | 1.00000 | XP_057764473.1 |
| 2 | Nucleoplasm | 核质 | 0.40000 | XP_057764473.1 |
| 3 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057764473.1 |
| 4 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057764473.1 |
| 5 | Chromatin | 染色质 | 0.00000 | XP_057764473.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr5:6035298 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B15,B45,B60,C39 |
Chr5:6035485 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B73 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057764473.1PF03110
SBP 55-128 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057764473.1 |
Pfam | PF03110 |
SBP | Domain | 55 | 128 | 4.4e-33 | 114.1 | SBP domain |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。