Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr05G000784`

染色体: Chr05 坐标: 6108634-6113265 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr05G000784`
名称	SmilChr05G000784
描述	nonsense-mediated mRNA decay factor SMG7-like
染色体 / SeqID	Chr05 / NC_080391.1
坐标与链方向	6108634 - 6113265 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130985498`
GeneID	`130985498`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130985498`
原始查询	`SmilChr05G000784`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	nonsense-mediated mRNA decay factor SMG7-like
产物	nonsense-mediated mRNA decay factor SMG7-like
Arabidopsis	`AT1G28260` (AT1G28260) Telomerase activating protein Est1 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:839720] identity=37.6; qcov=1.06; evalue=7.33e-169; confidence=medium
Rice	`Os08g0305300` - identity=31; qcov=0.629; evalue=1.6e-61; confidence=low
GO	GO:0000184 (nuclear-transcribed mRNA catabolic process, nonsense-mediated decay); GO:0005515 (protein binding); GO:0005697 (telomerase holoenzyme complex); GO:0042162 (telomeric repeat DNA binding); GO:0070034 (telomerase RNA binding)
KEGG	-
Pfam	PF10373 (EST1_DNA_bind); PF10374 (EST1)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130985498

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057764481.1`
2	Cytoplasm	细胞质	0.60000	`XP_057764481.1`
3	Cytosol	细胞质基质	0.40000	`XP_057764481.1`
4	P-body	P-body	0.20000	`XP_057764481.1`
5	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057764481.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr5:6108879`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B12,C62,C80
`Chr5:6109092`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A16
`Chr5:6109113`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B111,C19
`Chr5:6109225`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B131
`Chr5:6109278`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C33
`Chr5:6109360`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B23
`Chr5:6109435`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A4,D4
`Chr5:6109457`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C78
`Chr5:6109493`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B94
`Chr5:6109530`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	C12,C74,D2
`Chr5:6109538`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B95
`Chr5:6109649`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B16

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057764481.1

894 aa

447

894

EST1

EST1_DNA_bind

PF10374 EST1 57-178 aa PF10373 EST1_DNA_bind 189-503 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057764481.1`	Pfam	`PF10374`	EST1	Repeat	57	178	2e-15	58.2	Telomerase activating protein Est1
`XP_057764481.1`	Pfam	`PF10373`	EST1_DNA_bind	Repeat	189	503	1.7e-49	169.6	Est1 DNA/RNA binding domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057908498.1
CAGATAAGGAAAAGAAACAGTAGAGAGCACTAAAATACGGCGCATTGCCGAAAAGCAAGTTGCAAATTCACCTAAACTCACAATTTCAATCCCTAACTAAAGGAAGAAAGACATAGTAATGGTTTTCATGTCTTAAAAGATTCAACATTTTGACCGTGAAGATATAATTTGGTTATTTCCAACAGCGACCATTATCACAAAATAATCGCAGTAGCGTGGTGCAATAGGAAAGGAGTTTAAATTACCTATTTAGAAGATGA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130985498
ATGGAACAGCACAAGTCTATCCTTGAGGCTGCTAATACTGAGAAACAAATGTTAGCATTAATCTACACAAAGGGTATTTTACACGATGATGTTCTAGAGTTATACCACCAAATCCGCGCTGTGTATGAGAAGATTCTATTGAACAGCAATCACTTGCTCGAGCTTCAAGAAGTTGAGCATCATATGTGGAAACTGCATTACGAGCTCATCGATGAATTTCGTAAAAGAACTAGGCAAAGATCTCATAATGGAGATAATAC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057764481.1
MEQHKSILEAANTEKQMLALIYTKGILHDDVLELYHQIRAVYEKILLNSNHLLELQEVEHHMWKLHYELIDEFRKRTRQRSHNGDNTRNNSPPDRINSQSSLDKGLEEIKSFLSQATEFYRNLIVKLRRTCGLPANVFLNNKDRWSSSIEPKKLHACQHTCHRLLICLGDLARYTEIIKKPDACEWSTAANYYLEATRTWPDSGNPHNQLALLATYVGDAFLALYHCIRSLAVKEPFPDAWRNILLLFEENRSTKLPSIS...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器