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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr05G000786

染色体: Chr05 坐标: 6140027-6141116 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr05G000786
名称SmilChr05G000786
描述uncharacterized SmilChr05G000786
染色体 / SeqIDChr05 / NC_080391.1
坐标与链方向6140027 - 6141116 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130985501
GeneID130985501
locus_tag-
NCBI NameLOC130985501
原始查询SmilChr05G000786

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Arabidopsis/Rice homolog
描述confidence=no_hit
产物confidence=no_hit
Arabidopsis-
-
Rice-
-
GOGO:0008270 (zinc ion binding)
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130985501

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Endoplasmic reticulum 内质网 1.00000 XP_057764485.1
2 Endoplasmic reticulum membrane 内质网膜 1.00000 XP_057764485.1
3 Nucleus 细胞核 0.20000 XP_057764485.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057764485.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057764485.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr5:6140085 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A24,B139,B21,B27,B89
Chr5:6140116 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B94
Chr5:6140187 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A18,B60,B75
Chr5:6140201 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B79,C53
Chr5:6140261 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A2,B35,B7,B99,C83
Chr5:6140269 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 1 B94
Chr5:6140269 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B94
Chr5:6140280 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B94
Chr5:6140288 C CT 1bp_insertion frameshift_variant 73 A1,A2,A21,A22,A3,A5,A7,B10,B100,B102,B106,B110,B117,B120,B125,B126,B127,B128,B132,B135,B14,B15,B18,B26,B32,B36,B40,B45,B47,B5,B53,B6,B61,B64,B67,B69,B71,B72,B74,B77,B79,B80,B85,B86,B91,B96,C11,C16,C19,C2,C25,C27,C34,C37,C38,C40,C41,C44,C46,C47,C50,C53,C56,C57,C58,C73,C75,C78,C79,C84,C85,D5,D7
Chr5:6140302 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B108,B12,B60
Chr5:6140320 TC T 1bp_deletion frameshift_variant 1 A9
Chr5:6140320 TC T 1bp_deletion CDS_variant 1 A9

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057908502.1
TAGGGTAAAGGTCACTTTCTGTCCCATCGTTTCAACGAATTCTAAAAAATGTCCCACCCTAACCATAATATGAAAACGGTACCCAACCTATCACAATTTTATCACGCGTGTCCCGTAAAAATTTTCCGGGAATCGGAAACTTACGTGGATTGCCGGACTTACACCATGGCAATTCCACGTGGACTCATTTAATCTAGGTGGAATGATTTTTTTTTTGCAGCCATTTTATTAACCCTAAAACGCAGCACACTTCGTCTTCT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130985501
ATGGAGAACTCTTACAGTGAGGAGTCTGTGAATTCATTTGAGAGAAAGCACTGCCGTCATGGAGAATGTAATCTCCTTCGATCATTTAGTACAGCTAATCCAGGTAGGAGGTTTTGGAGATGTCGATTTGGAAATTTGCCGGGTGATTGCAAGTATTTTGTGTGGTACGATGAGCCATTTGATGGAAGAGCAAAAGCGGCTCTACTACATTGCATACGGAAAAGCAACGTATTGGTTGAGAAGGAGCAAAAGGTTGCAGC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057764485.1
MENSYSEESVNSFERKHCRHGECNLLRSFSTANPGRRFWRCRFGNLPGDCKYFVWYDEPFDGRAKAALLHCIRKSNVLVEKEQKVAAEKLQELKDDLEFKMHKYRVENRSLKKSLKETKCRLHSLCCVLIVTYVFMMLWILGGRVEFVSNTRRRLPM

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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