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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr05G000792

染色体: Chr05 坐标: 6216113-6218034 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr05G000792
名称SmilChr05G000792
描述uncharacterized SmilChr05G000792
染色体 / SeqIDChr05 / NC_080391.1
坐标与链方向6216113 - 6218034 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130985507
GeneID130985507
locus_tag-
NCBI NameLOC130985507
原始查询SmilChr05G000792

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述sugar phosphate exchanger, putative (DUF506) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:829383]; symbol=AT4G32480; hit=AT4G32480; species=arabidopsis; confidence=high
产物sugar phosphate exchanger, putative (DUF506) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:829383]; symbol=AT4G32480; hit=AT4G32480; species=arabidopsis; confidence=high
ArabidopsisAT4G32480 (AT4G32480)
sugar phosphate exchanger, putative (DUF506) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:829383]
identity=48.5; qcov=0.918; evalue=5.2e-81; confidence=high
RiceOs05g0519300
-
identity=39.4; qcov=0.803; evalue=2.32e-53; confidence=medium
GO-
KEGG-
PfamPF04720 (PDDEXK_6)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130985507

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057764489.1
2 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057764489.1
3 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057764489.1
4 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057764489.1
5 Telomere 端粒 0.00000 XP_057764489.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr5:6216865 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B93
Chr5:6216902 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C35
Chr5:6216940 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C71
Chr5:6217468 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B113,B16
Chr5:6217659 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr5:6217729 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B44

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057764489.1
294 aa
N
1
147
294
PDDEXK_6
C
PF04720 PDDEXK_6 31-254 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057764489.1 Pfam PF04720 PDDEXK_6 Family 31 254 4.1e-75 253.2 PDDEXK-like family of unknown function

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057908506.1
CCCGCTTCTTTTTCCACGTAAGCTAATTGGCCCCACATCTCGGGTATATAAAAGCCACTTCCAAGGATCGTTGAAAATCACAAATCTTTATTAACCAAACATAAAATACAATTTGTAGGGTTTGGCTGGTAAAAAAGCGAGAAATGGCCAGAGTTTCTAAAAACCACAGGATTTTGACGTGCGACGGCCGGGAATCTGAGTTTTCCGCCGAAACGACTATCAATTTATCCGACGACACCGTCTTCCAGTTCCTCAGCGAA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130985507
ATGGCCAGAGTTTCTAAAAACCACAGGATTTTGACGTGCGACGGCCGGGAATCTGAGTTTTCCGCCGAAACGACTATCAATTTATCCGACGACACCGTCTTCCAGTTCCTCAGCGAAGAATGCGAAGGCTTGAGTAGCATATTCGACGATGATGCAGACGACGTTGAGAAAGAAAATCAAAATGATAATGAAATTCGAGGCGCAGAAGACGACAATTTTTGGGAAACTCAACATCAATTATTGCAATCTACGATATGCAG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057764489.1
MARVSKNHRILTCDGRESEFSAETTINLSDDTVFQFLSEECEGLSSIFDDDADDVEKENQNDNEIRGAEDDNFWETQHQLLQSTICRTSSLESRIRNISKEALKEAEQSGGVCECGRPADGCRKCLMAEMCRRLQNAGFNSAICKSKWKSSPDIPSGEHTFLDVIEGSNPKKEVRVIIELNFRGQFEMARANEEYNKLVKKLPEIFVGKMERLLAVLKIVCGAAKRCMKEKKMHMAPWRKHRYMQAKWLRTCERLSSTQT...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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