当前解析结果
SmilChr05G000802| 统一新 Gene ID | SmilChr05G000802 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr05G000802 |
| 描述 | heat stress transcription factor B-1-like |
| 染色体 / SeqID | Chr05 / NC_080391.1 |
| 坐标与链方向 | 6279225 - 6282578 / + |
| NCBI Gene ID | LOC130985517 |
|---|---|
| GeneID | 130985517 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130985517 |
| 原始查询 | SmilChr05G000802 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | heat stress transcription factor B-1-like |
| 产物 | heat stress transcription factor B-1-like |
| Arabidopsis | AT4G36990 (HSF4)heat shock factor 4 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:829853] identity=61.2; qcov=0.677; evalue=1.19e-23; confidence=medium |
| Rice | Os08g0546800 (HSFB2B)- identity=51.3; qcov=0.768; evalue=2.77e-22; confidence=medium |
| GO | GO:0000978 (RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding); GO:0003700 (DNA-binding transcription factor activity); GO:0005634 (nucleus); GO:0006357 (regulation of transcription by RNA polymerase II) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00447 (HSF_DNA-bind) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130985517 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Nucleus | 细胞核 | 1.00000 | XP_057764502.1 |
| 2 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057764502.1 |
| 3 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057764502.1 |
| 4 | Chromatin | 染色质 | 0.00000 | XP_057764502.1 |
| 5 | Telomere | 端粒 | 0.00000 | XP_057764502.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr5:6279470 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B126,B24,B93,B98 |
Chr5:6279505 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B80 |
Chr5:6279591 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B126,B24,B98 |
Chr5:6282251 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B14 |
Chr5:6282336 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B113 |
Chr5:6282373 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | A10,B22,B91,D10 |
Chr5:6282404 |
A |
AT |
1bp_insertion | frameshift_variant | 8 | A9,B34,B90,B92,C1,C64,C66,D3 |
Chr5:6282451 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 16 | A3,A9,B123,B126,B133,B24,B34,B90,B92,B93,B96,B98,C1,C64,C66,D3 |
Chr5:6282467 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B12 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057764502.1PF00447
HSF_DNA-bind 21-115 aa
XP_057764503.1PF00447
HSF_DNA-bind 21-84 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057764502.1 |
Pfam | PF00447 |
HSF_DNA-bind | Domain | 21 | 115 | 5.1e-27 | 95.0 | HSF-type DNA-binding |
XP_057764503.1 |
Pfam | PF00447 |
HSF_DNA-bind | Domain | 21 | 84 | 5.2e-18 | 66.1 | HSF-type DNA-binding |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
2 records
下载 cDNA FASTA2 records
下载 CDS FASTA2 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。