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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr05G000831

染色体: Chr05 坐标: 6534169-6537241 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr05G000831
名称SmilChr05G000831
描述transcription factor UNE12-like
染色体 / SeqIDChr05 / NC_080391.1
坐标与链方向6534169 - 6537241 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130985544
GeneID130985544
locus_tag-
NCBI NameLOC130985544
原始查询SmilChr05G000831

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述transcription factor UNE12-like
产物transcription factor UNE12-like
ArabidopsisAT1G80410 (EMB2753)
tetratricopeptide repeat (TPR)-containing protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:844381]
identity=65.5; qcov=0.403; evalue=1.22e-18; confidence=low
RiceOs01g0617500 (P0686E09.27-1)
-
identity=59; qcov=0.424; evalue=2.72e-14; confidence=low
GO-
KEGG-
PfamPF12569 (NatA_aux_su)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130985544

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057764551.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.40000 XP_057764551.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057764551.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057764551.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057764551.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr5:6535197 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B74,B96
Chr5:6536648 AGC A 2bp_deletion frameshift_variant 1 C47
Chr5:6536648 AGC A 2bp_deletion CDS_variant 1 C47
Chr5:6536886 CT C 1bp_deletion frameshift_variant 86 A1,A10,A14,A16,A18,A20,A25,A4,A7,A8,B1,B10,B100,B101,B103,B110,B114,B120,B121,B123,B125,B129,B130,B133,B134,B137,B14,B2,B21,B24,B25,B26,B3,B31,B36,B38,B39,B4,B43,B44,B45,B48,B50,B51,B53,B55,B6,B62,B64,B72,B73,B74,B75,B77,B78,B89,B9,B90,B92,B97,B99,C12,C18,C23,C28,C29,C33,C35,C38,C46,C50,C51,C55,C56,C63,C71,C73,C77,C81,C83,D1,D10,D11,D3,D4,D8
Chr5:6536952 G GCT 2bp_insertion frameshift_variant 23 A2,A21,A7,B125,B13,B131,B139,B34,B42,B43,B47,B51,B58,B65,B75,C1,C13,C5,C56,C65,C83,D10,D6
Chr5:6537050 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 33 A19,B102,B107,B110,B113,B118,B120,B123,B14,B2,B26,B29,B33,B41,B42,B43,B49,B62,B66,B72,B76,B85,B90,B91,B92,C10,C27,C38,C56,C63,C65,C8,D6
Chr5:6537074 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B131

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057764551.1
144 aa
N
1
72
144
NatA_aux_su
C
PF12569 NatA_aux_su 22-89 aa
XP_057764552.1
144 aa
N
1
72
144
NatA_aux_su
C
PF12569 NatA_aux_su 22-89 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057764551.1 Pfam PF12569 NatA_aux_su Repeat 22 89 4e-09 36.7 N-terminal acetyltransferase A, auxiliary subunit
XP_057764552.1 Pfam PF12569 NatA_aux_su Repeat 22 89 4e-09 36.7 N-terminal acetyltransferase A, auxiliary subunit

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

3 records

下载 cDNA FASTA
XR_009088994.1
AAATTTAAAAAAATGGCCACTCATTTCTCTCTCTCTCCCTCTTCCTCTCCTTCTCGTCCTCGCCGCCGCTCCACAGTTGCCGCCCACCACCACCGCTACACTGCTATTCTGAGACGGAGGGAGCCGCGCACGCGGTAGCGTTGCTCCGCCGCTGCTGACTCGCCGGGGAAGAAGACACTCTTCTAGCTCGGCACCTTTGACTCCGCCGCGCCGCCTCCCCCGGTCCGACGCTCCGCCTTCCCCGGTCCAACGCGCCGCCT...
XM_057908569.1
TCTCTCTCTCTCCCTCTTCCTCTCCTTCTCGTCCTCGCCGCCGCTCCACAGTTGCCGCCCACCACCACCGCTACACTGCTATTCTGAGACGGAGGGAGCCGCGCACGCGGTAGCGTTGCTCCGCCGCTGCTGACTCGCCGGGGAAGAAGACACTCTTCTAGCTCGGCACCTTTGACTCCGCCGCGCCGCCTCCCCCGGTCCGACGCTCCGCCTTCCCCGGTCCAACGCGCCGCCTTCCTGGTTCGACGCTCCTTCGGAAG...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA
LOC130985544
ATGACAAATACTGTTCCTACAGCGCCTCAGCCTCCTGCAGTTCGTCCAAGGGTACGAGCTAGACGAGGCCAAGCAACAGATCCACACAGTATAGCTGAGAGAGAAGCAGGAGTGAAGGGAGAATCAAATGCTACTGCTGTTTTAAAATCTGGAAAAAGGCAAGTAAAGCCGGTAGATCCTAATCCACATGGTGAGAAGTTACTGCAGGTTGAAGATCCTTTGGTGGAAGCTACAAAGTACTTGAAACTTCTCCAGAAGCA...
LOC130985544
ATGACAAATACTGTTCCTACAGCGCCTCAGCCTCCTGCAGTTCGTCCAAGGGTACGAGCTAGACGAGGCCAAGCAACAGATCCACACAGTATAGCTGAGAGAGAAGCAGGAGTGAAGGGAGAATCAAATGCTACTGCTGTTTTAAAATCTGGAAAAAGGCAAGTAAAGCCGGTAGATCCTAATCCACATGGTGAGAAGTTACTGCAGGTTGAAGATCCTTTGGTGGAAGCTACAAAGTACTTGAAACTTCTCCAGAAGCA...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA
XP_057764551.1
MTNTVPTAPQPPAVRPRVRARRGQATDPHSIAEREAGVKGESNATAVLKSGKRQVKPVDPNPHGEKLLQVEDPLVEATKYLKLLQKHSSTITLWCSLSQLMNQSHTCWIRCRWSGGGSSSGGHRFVAQFSNLMCAAGDFDCRLN
XP_057764552.1
MTNTVPTAPQPPAVRPRVRARRGQATDPHSIAEREAGVKGESNATAVLKSGKRQVKPVDPNPHGEKLLQVEDPLVEATKYLKLLQKHSSTITLWCSLSQLMNQSHTCWIRCRWSGGGSSSGGHRFVAQFSNLMCAAGDFDCRLN

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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