当前解析结果
SmilChr05G000831| 统一新 Gene ID | SmilChr05G000831 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr05G000831 |
| 描述 | transcription factor UNE12-like |
| 染色体 / SeqID | Chr05 / NC_080391.1 |
| 坐标与链方向 | 6534169 - 6537241 / + |
| NCBI Gene ID | LOC130985544 |
|---|---|
| GeneID | 130985544 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130985544 |
| 原始查询 | SmilChr05G000831 |
| 来源 | GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | transcription factor UNE12-like |
| 产物 | transcription factor UNE12-like |
| Arabidopsis | AT1G80410 (EMB2753)tetratricopeptide repeat (TPR)-containing protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:844381] identity=65.5; qcov=0.403; evalue=1.22e-18; confidence=low |
| Rice | Os01g0617500 (P0686E09.27-1)- identity=59; qcov=0.424; evalue=2.72e-14; confidence=low |
| GO | - |
| KEGG | - |
| Pfam | PF12569 (NatA_aux_su) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130985544 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Nucleus | 细胞核 | 1.00000 | XP_057764551.1 |
| 2 | Cytoplasm | 细胞质 | 0.40000 | XP_057764551.1 |
| 3 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057764551.1 |
| 4 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057764551.1 |
| 5 | Chromatin | 染色质 | 0.00000 | XP_057764551.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr5:6535197 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B74,B96 |
Chr5:6536648 |
AGC |
A |
2bp_deletion | frameshift_variant | 1 | C47 |
Chr5:6536648 |
AGC |
A |
2bp_deletion | CDS_variant | 1 | C47 |
Chr5:6536886 |
CT |
C |
1bp_deletion | frameshift_variant | 86 | A1,A10,A14,A16,A18,A20,A25,A4,A7,A8,B1,B10,B100,B101,B103,B110,B114,B120,B121,B123,B125,B129,B130,B133,B134,B137,B14,B2,B21,B24,B25,B26,B3,B31,B36,B38,B39,B4,B43,B44,B45,B48,B50,B51,B53,B55,B6,B62,B64,B72,B73,B74,B75,B77,B78,B89,B9,B90,B92,B97,B99,C12,C18,C23,C28,C29,C33,C35,C38,C46,C50,C51,C55,C56,C63,C71,C73,C77,C81,C83,D1,D10,D11,D3,D4,D8 |
Chr5:6536952 |
G |
GCT |
2bp_insertion | frameshift_variant | 23 | A2,A21,A7,B125,B13,B131,B139,B34,B42,B43,B47,B51,B58,B65,B75,C1,C13,C5,C56,C65,C83,D10,D6 |
Chr5:6537050 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 33 | A19,B102,B107,B110,B113,B118,B120,B123,B14,B2,B26,B29,B33,B41,B42,B43,B49,B62,B66,B72,B76,B85,B90,B91,B92,C10,C27,C38,C56,C63,C65,C8,D6 |
Chr5:6537074 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B131 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057764551.1PF12569
NatA_aux_su 22-89 aa
XP_057764552.1PF12569
NatA_aux_su 22-89 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057764551.1 |
Pfam | PF12569 |
NatA_aux_su | Repeat | 22 | 89 | 4e-09 | 36.7 | N-terminal acetyltransferase A, auxiliary subunit |
XP_057764552.1 |
Pfam | PF12569 |
NatA_aux_su | Repeat | 22 | 89 | 4e-09 | 36.7 | N-terminal acetyltransferase A, auxiliary subunit |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
3 records
下载 cDNA FASTA2 records
下载 CDS FASTA2 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。