当前解析结果
SmilChr05G000832| 统一新 Gene ID | SmilChr05G000832 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr05G000832 |
| 描述 | probable 2' cyclic ADP-D-ribose synthase BdTIR |
| 染色体 / SeqID | Chr05 / NC_080391.1 |
| 坐标与链方向 | 6541576 - 6542528 / - |
| NCBI Gene ID | LOC130985545 |
|---|---|
| GeneID | 130985545 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130985545 |
| 原始查询 | SmilChr05G000832 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | probable 2' cyclic ADP-D-ribose synthase BdTIR |
| 产物 | probable 2' cyclic ADP-D-ribose synthase BdTIR |
| Arabidopsis | AT1G61105 (AT1G61105)Toll-Interleukin-Resistance (TIR) domain family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:2745840] identity=66.9; qcov=0.818; evalue=2.39e-76; confidence=high |
| Rice | Os07g0566800 (OJ1092_A07.109)- identity=51.1; qcov=0.714; evalue=5.04e-44; confidence=medium |
| GO | GO:0007165 (signal transduction) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF01582 (TIR); PF13676 (TIR_2) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130985545 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cytosol | 细胞质基质 | 1.00000 | XP_057764553.1 |
| 2 | Cytoplasm | 细胞质 | 0.40000 | XP_057764553.1 |
| 3 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057764553.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057764553.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057764553.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr5:6542376 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B109,C38,C44 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057764553.1PF01582
TIR 28-125 aa
PF13676
TIR_2 29-138 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057764553.1 |
Pfam | PF01582 |
TIR | Domain | 28 | 125 | 2.8e-13 | 50.8 | TIR domain |
XP_057764553.1 |
Pfam | PF13676 |
TIR_2 | Domain | 29 | 138 | 1.1e-15 | 58.9 | TIR domain |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。