Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr05G000843`

染色体: Chr05 坐标: 6663017-6663963 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr05G000843`
名称	SmilChr05G000843
描述	homeobox-leucine zipper protein ATHB-6-like
染色体 / SeqID	Chr05 / NC_080391.1
坐标与链方向	6663017 - 6663963 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131025462`
GeneID	`131025462`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131025462`
原始查询	`SmilChr05G000843`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	homeobox-leucine zipper protein ATHB-6-like
产物	homeobox-leucine zipper protein ATHB-6-like
Arabidopsis	`AT2G22430` (HB6) homeobox protein 6 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:816775] identity=72; qcov=0.595; evalue=1.01e-67; confidence=medium
Rice	`Os09g0470500` (Oshox4) - identity=70; qcov=0.417; evalue=3.41e-46; confidence=low
GO	GO:0000981 (DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific); GO:0005634 (nucleus); GO:0043565 (sequence-specific DNA binding); GO:0045893 (positive regulation of DNA-templated transcription)
KEGG	-
Pfam	PF00046 (Homeodomain); PF02183 (HALZ)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131025462

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057811239.1`
2	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057811239.1`
3	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057811239.1`
4	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057811239.1`
5	Telomere	端粒	0.00000	`XP_057811239.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr5:6663043`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C74
`Chr5:6663072`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B122,B16,B51,B74,C45
`Chr5:6663082`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C85
`Chr5:6663084`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B78,C28
`Chr5:6663090`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C69
`Chr5:6663109`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B128,B16,B51,B74,C45
`Chr5:6663121`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A14
`Chr5:6663145`	`C`	`CT`	1bp_insertion	frameshift_variant	24	A1,A13,A16,A23,B1,B108,B120,B124,B127,B128,B132,B137,B138,B21,B22,B49,B59,B73,C38,C44,C55,C74,C80,C86
`Chr5:6663193`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B139
`Chr5:6663206`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B69,B80,C20,C46
`Chr5:6663214`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B42,B43
`Chr5:6663226`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B139,C55

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057811239.1

264 aa

132

264

Homeodomain

HALZ

PF00046 Homeodomain 52-105 aa PF02183 HALZ 107-148 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057811239.1`	Pfam	`PF00046`	Homeodomain	Domain	52	105	3.2e-17	62.8	Homeodomain
`XP_057811239.1`	Pfam	`PF02183`	HALZ	Coiled-coil	107	148	7.7e-16	58.7	Homeobox associated leucine zipper

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057955256.1
ACCTCTTTAAAGTTCTAACCTCTCTCACTTTGACACACACTCTCACTCTCACTCTCACTCTCACACTCTCCAAGTTGGTGGGTTTCCAAGAGAGATCTGAAATAGACTACTACTGTTAACTGTGTGTAAATTTGGGATATAGCGATCAAAGAATGAAGAGACTCAGCAACTCTGATTCCTTGGGTGGTTTGATGTCCATCTGTCCCAACGCTACAGAGGAAGAAAGCAATAATCCGATGTACGCGAGGGAGTTCCAGACG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131025462
ATGAAGAGACTCAGCAACTCTGATTCCTTGGGTGGTTTGATGTCCATCTGTCCCAACGCTACAGAGGAAGAAAGCAATAATCCGATGTACGCGAGGGAGTTCCAGACGATGCTGGAGGGTTTGGAGGAGGAGGAATCGGGGCACGTGTCGGAGAAGAAACGGAGATTGAGCGTGGATCAGGTCAAGGCATTGGAGAAGAATTTCGAGGTCGAGAATAAGCTTGAGCCGGAGAGGAAAGTCAAGCTGGCTCAGGAGCTCGG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057811239.1
MKRLSNSDSLGGLMSICPNATEEESNNPMYAREFQTMLEGLEEEESGHVSEKKRRLSVDQVKALEKNFEVENKLEPERKVKLAQELGLQPRQVAVWFQNRRARWKTKQLERDYGGLKASYDGLKLNFERLQRDNESLLKEIRELKSKLNGDDEEKTRLESEIGDAVLRRAGAAEERGRGRGLPRAEDEHKLADVDVGEVEEEDVHVRAGEIQAGDGAGRSQTEAGQAGGEAHCPGEGRALAARARAGKGSDACRRKERNR...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器